El Consejo de Indias fue fundado alrededor del año 1524 por Carlos I. Como institución se formó poco a poco, y ya los Reyes Católicos designan a Juan Rodríguez de Fonseca para estudiar los problemas de la colonización de las Indias con Cristóbal Colón. Al morir Fernando II de Aragón se hace cargo de la Corona de Castilla en calidad de regente el Cardenal Cisneros, quien no tenía buenas relaciones con Rodríguez de Fonseca, de tal manera que lo separa de sus funciones y encarga a dos miembros del Consejo de Castilla: Luis de Zapata y Lorenzo Galíndez de Carvajal, que formen un pequeño consejo, que se pasó a llamar 'Junta de Indias'.
En 1516 cuando Carlos I se hace cargo de la corona, continúa existiendo esta junta y ya en 1524 pasa a llamarse definitivamente Consejo de Indias. Su primer presidente fue Fray Juan García de Loaysa, quien se convertiría después en Arzobispo de Sevilla.

Las reformas borbónicas de 1714, con la creación de los ministros de despacho, quitan las atribuciones administrativas y legales del Consejo. En 1717 el Rey Felipe V crea una Secretaría de Marina e Indias, por lo que el Consejo va decayendo hasta que fue suprimido en 1812, luego nuevamente puesto en funcionamiento en 1814, cuando recupera la corona española Fernando VII ydefinitivamente abolido, como organismo asesor, en 1999.
CONFORMACIÓN
Estaba integrado por:
• UN PRESIDENTE: Debía reunirse todas las semanas con el rey (generalmente los sabados a las 10 de la mañana) para el tramite de la 'consulta', que consistía en informarle someramente de las materias tratadas en el consejo.
• LOS CONSEJEROS DE INDIAS: (de número variable) letrados, gente de gran versación jurídica y eruditos en temas americanos, la gran mayoría eran hombres con experiencia funcionaria en las Indias y los menos, expertos en legislación indiana.
Personal de Planta del Consejo de Indias:
• UN FISCAL: Cargo que era ejercido por el consejero mas nuevo, era el encargado de velar por los intereses de la Corona.
• DOS SECRETARIOS;
• UN ESCRIBANO;
• UN GRAN CANCILLER: Cargo creado por Carlos I para favorecer a un amigo suyo. Este se encargaba de custodiar el sello real; Debía refrendar con el sello todos los documentos oficiales del Consejo de Indias, cobrando una tasa por cada timbre que colocaba.
• RELATORES: De uno a tres en algunas épocas, no eran de número fijo.
• CONTADORES: De uno a tres en algunas épocas, no eran de número fijo.
• UN COSMÓGRAFO: Tenía por misión poner en conocimiento del Consejo de Indias todo lo relativo a los descubrimientos que se iban haciendo en el Nuevo Mundo.
• UNCRONISTA O GUIONISTA MAYOR DE INDIAS: Tenía por misión escribir la historia de Indias.
• UN ABOGADO DE POBRES.

FUNCIONES DEL CONSEJO DE INDIAS: SUS FUNCIONES ERAN:
1. FUNCIONES DE GOBIERNO
2. FUNCIONES DE GUERRA
3. FUNCIONES DE HACIENDA
4. FUNCIONES DE JUSTICIA

1. Funciones de gobierno: Esta función, a su vez se divide en:
Gobierno Temporal: Toda la administración gubernativa del Imperio Español compete al Real y Supremo Consejo de Indias, debe:
o Planear y proponer al Rey las políticas relativas al Nuevo Mundo (poblamiento, relación con los indígenas, comercio, etc.)
o Organizar administrativamente las Indias, ya sea con la creación de nuevos Virreinatos, nuevas Gobernaciones, etc. y establecer su grado de autonomía respecto de la metrópoli.
o Proponer al Rey los nombres de las personas mas adecuadas para los cargos de grandes autoridades americanas (Virreyes, Gobernadores, Oidores, entre otros.)
o Velar por el buen funcionamiento de las autoridades, dictando medidas de probidad administrativa y nombrando un Juez de Residencia, para que realice el respectivo Juicio de residencia.
o Revisar a diario la correspondencia que viene de América y demas posesiones, tanto la oficial como la del pueblo.
o Autorizar los libros que pasaban a América.
o Regular y autorizar el flujo de pasajeros aIndias: provistos, comerciantes y emigrantes.
o Autorizar la aplicación de la legislación castellana en las Indias (desde 1614).
o Examinar la legislación originada en América, y dar su aprobación o rechazo.
o Elaborar las normas que regirían en Indias y que eran dictadas por el rey como Reales Cédulas o Reales Provisiones (similares a las Reales Cédulas pero mas solemnes).
Ademas se puede distinguir entre la Alta Policía y la Baja Policía que es la que corresponde a las organizaciones municipales.
• Gobierno Espiritual: Se preocupa de materias de orden espiritual, analiza los derechos otorgados por la Santa Sede, así por ejemplo:
o Ejercer el Derecho de presentación.
o Dividir los Obispados.
o Revisar las Bulas Papales, si esta conforme les da Exequatur o Pase Regio, sin él no se cumplen éstas.
o Examinar las disposiciones de la Iglesia en América y los Sínodos, estos no se cumplen sin la aprobación del Consejo de Indias.
2. Funciones de guerra
Se reúne con los miembros del Consejo de Guerra, es la Junta de Guerra de Indias (1600), ahí se tratan estrategias militares, ejército y milicias. A fines del siglo XVI y principios del siglo XVII se integran en esta junta los 'ministros de capa y espada' (Consejeros militares).
3. Funciones de Hacienda
Examinar las cuentas de los oficiales reales (seles quita esta función en tiempos de Felipe II; luego se les vuelve a entregar).
4. Funciones de Justicia
En materia de justicia el Consejo de Indias era el mas alto tribunal en América y para los efectos de administrar justicia, se reúne el consejo en una sala de justicia que esta integrado por ministros letrados. En esta materia (justicia), el Consejo era absolutamente independiente, incluso del Rey.
En general la corona procuraba que el consejo conociera pocos asuntos de caracter judicial, porque eran asuntos particulares que recargaban de mucho trabajo a los consejeros, lo cual le restaba tiempo para dedicarse a los asuntos de gobierno (de mucha mas relevancia). Por ello los recursos que conoce el consejo son de caracter extraordinario y de alta cuantía (superior a 1000 ducados).
El consejo en Sala de Justicia tiene por función:
• Conocer de ciertos asuntos criminales (delitos cometidos en la carrera de Indias, evasión tributaria, delitos de comiso por contrabando).
• Conocer de las apelaciones en lo civil, de que habría conocido la Casa de Contratación cuando la suma disputada fuera superior a 40.000 maravedíes.
• Conocer de las apelaciones de los Juicios de residencia.
• Conocer del Recurso de segunda suplicación.
Excepcionalmente en sala de gobierno:
Conocer del Recurso de injusticia notoria