Las conquistas de los pueblos suramericanos aborígenes
Sebastian de Belalcazar, Gonzalo Jiménez de Quesada y Nicolas de Federmann, derrotaron a los jefes de la Confederación Muisca, la mayor unión de tribus de Suramérica en el Altiplano Cundiboyacense, dando muerte a Sagipa, el último de los zipas de Bacata en 1538 y a Aquiminzaque, el último zaque de Hunza muerto en 1541. También dieron muerte al último Iraca de Sogamoso, maximo sacerdote de la religión muisca. Una rebelión tardía de los muiscas en 1542 no pudo evitar ya el control español.
El sometimiento del actual territorio colombiano abrió el camino para que los españoles se enfrentaran al poderosos Imperio inca que regía en una extensión que va desde gran parte del actual Ecuador hasta el norte de Chile. Los españoles aprovecharon una disputa de secesión del poder en la guerra civil inca de 1532 en donde salió triunfador el Inca Atahualpa quien se reunió con el conquistador Francisco Pizarro en Cajamarca. Pero bien pronto Pizarro se volvió en contra del monarca y lo hizo prisionero, lo que le ganó la simpatía de los pueblos sometidos por los Incas. El monarca es ejecutado en 1533 y los españoles tienen abierto el camino hacia el sur del subcontinente.

Pedro de Valdivia, autorizado por Pizarro, penetró el territorio del actual Chile. El cacique Michimalonco trató de deternerlo infructuosamente después de que el conquistador tomó posesión del valle deCopiapó en 1540. El 11 de septiembre de 1541 Michimalonco destruyó a la ciudad de Santiago fundada por Valdivia. Pronto los conquistadores dominaron el norte de Chile y se dirigieron hacia el sur. En 1553 se alzó el pueblo Mapuche liderados por Lautaro y Caupolican que causaron la muerte de Valdivia. Los mapuches no serían facilmente derrotados y conservarían una ferrea resistencia aún hasta después de la independencia.

[editar] Fundación de las colonias
La primera forma administrativa creada por los españoles en Suramérica fue en las costas caribes de Venezuela, Colombia y Panama, territorios explorados por Colón. Alonso de Ojeda fundó una primera colonia en La Guajira el 3 de mayo de 1502 con el nombre de 'Santa Cruz'. Ese primer intento duró solo tres meses, cuando Ojeda fue apresado, pues no tenía autorización del Virrey de Indias, título que ostentaba el Almirante Colón. Venezuela es hecha 'Capitanía General' en 1527, pero dependía de la Real Audiencia de Santo Domingo. En 1717 es trasferida al Virreinato de la Nueva Granada.
Con la derrota del pueblo Muisca, Gonzalo Jiménez de Quesada fundó a partir de 1543 el Nuevo Reino de Granada a partir de la Real Audiencia de Santa Fe de Bogota.
El 20 de noviembre de 1542 el rey Carlos I de España creó el Virreinato del Perú, que comprendía toda la Suramérica conquistada por los españoles y parte de América Central. En 1717 se desmembró de este el Virreinatode la Nueva Granada, que comprendía el norte de Suramérica y el Virreinato del Río de la Plata que comprendía la parte mas meridional.
Por su parte, Portugal arrendó en 1503 sus conquistas en Suramérica, llamadas entonces 'Terra de Santa Cruz', a un agente de la Banca Fugger para la explotación maderera. En 1511 terminó la concesión y el rey Manuel I de Portugal dio paso a la creación de las llamadas Capitanías del Brasil.
La esclavización de los aborígenes fue un fracaso, porque muchos murieron a causa de las epidemias importadas por los conquistadores y el 20 de noviembre de 1542 se aprobaron las Leyes Nuevas que pretendía mejorar su condición a través del sistema de la Encomienda, establecida en las Leyes de Burgos de 1512. La protección de los indígenas traería en cambio un nuevo drama: la esclavización de pueblos africanos en América. En 1518 la Corona dio la primera licencia para introducir a 4.000 hombres africanos a las Indias durante ocho años. Este fue el primero de aquellos asientos de negros, que por mucho tiempo fueron una ensangrentada y lucrativa fuente de ingresos para los gerentes de Europa. Ademas del negocio oficial hubo también un negocio de esclavos en contrabando ejercido por piratas y comerciantes no católicos. La desaparición de numerosos indígenas fue pronto reemplazada por la introducción de campesinos españoles que formarían una clase de base.
Cartagena de Indias se convirtió en laprimera plaza negrera de América del Sur y el 9 de septiembre de 1654 murió allí el apóstol de los esclavos, Pedro Claver, un sacerdote jesuita nacido en Cataluña que fuera declaro en 1985 por el Congreso de la República de Colombia como el precursor de los derechos humanos en el país.

[editar] Siglos XVII y XVIII
En 1604 el rey Luis XIV de Francia envió un gran número de personas para que se asentaran en Guyana, lo que originaría la Guayana Francesa. Pero los primeros colonos sufrieron una gran mortandad por enfermedades tropicales y hostilidad de los indígenas.
En 1616 los holandeses, atraídos por la leyenda de El Dorado, fundaron un fuerte en Guyana y crearon tres colonias: Demerara, Berbice y Essequibo.
Ya desde el siglo XVI se dieron algunos movimientos de descontento al sistema colonial español y portugués. Entre estos movimientos, el mas célebre fue el de los negros cimarrones, esclavos que escapaban de sus amos y en el refugio de las selvas organizaban comunidades libres. Los intentos del ejército realista de someterlos fue infructuoso, porque los cimarrones aprendieron a dominar las selvas suramericanas. En una cédula real de 1713 el rey le dio legalidad a la primera población libre del continente: el Palenque de San Basilio en la actual Colombia, liderado por Benkos Biohó. Brasil vio la formación de un auténtico reino africano en su suelo, con el Quilombo de los Palmares.
Entre 1717 y 1735 sepresentó la llamada II Revolución Comunera de Paraguay debido al descontento popular por la administración colonian española.
Entre 1742 y 1756 se dio la insurrección de Juan Santos Atahualpa en la selva central de Perú. En 1780 el Virreinato del Perú volvería a temblar con la insurrección del curaca Condorcanqui o Túpac Amaru II, que sería continuada por Túpac Catari en el Alto Perú.
En 1763 el africano Cuffy encabezó una rebelión en Guayana que fue reprimida sangrientamente por los holandeses.
En 1781 se presenta la Insurrección de los comuneros en el Virreino de la Nueva Granada, la cual fue una revolución popular que unía campesinos, indígenas y mestizos. Los comuneros intentaron tomarse el poder colonial y a pesar de que se firmaron unas capitulaciones, el virrey Manuel Antonio Flórez no les cumplió y en cambio ejecutó a los principales líderes con José Antonio Galan.
En 1796 una de las colonias holandesas de Guyana, la Guayana Esequiba, fue tomada por los ingleses, que antes habían comenzado una introducción masiva de esclavos.
Durante el siglo XVIII destacó la figura del sacerdote, botanico y matematico José Celestino Mutis (1732 - 1808), delegado por el virrey Antonio Caballero y Góngora para realizar un inventario de la naturaleza de la Nueva Granada, que fue conocido como la Expedición Botanica, la cual clasificó plantas, fauna y fundó el primer observatorio astronómico en la ciudad de Santa Féde Bogota.
El 15 de agosto de 1801 el científico prusiano Alexander von Humboldt llega a Fontibón en donde se abraza con Mutis y comienza su expedición por la Nueva Granada hasta Quito. El encuentro entre ambos estudiosos es considerado el punto mas brillante de la expedición botanica. Humbolt viajó también por Venezuela, México, Estados Unidos, Chile y Perú. Sus observaciones de las diferencias de temperatura del Océano Pacífico entre Chile y Perú en diferentes periodos del año le hizo descubrir las corrientes frías que se desplazan de sur a norte hasta las costas peruanas, lo que se llamó en su honor la Corriente de Humboldt.
[editar] Siglo XIX: Nacionalismos sudamericanos
Con el avance del nacionalismo europeo y la consolidación de las naciones norteamericanas, especialmente de la Guerra de la Independencia de los Estados Unidos (1776), las colonias sudamericanas recibieron un gran impacto. El sometimiento de la Corona Española por parte de las fuerzas napoleónicas francesas debilitaría al Imperio y le abriría las puertas al papel protagónico de los criollos en la conformación de sus propias naciones en suelo sudamericano.
Entre 1806 y 1807 fuerzas militares inglesas trataron de invadir la zona del Río de la Plata al mando de Home Riggs Popham y William Carr Beresford en el primer intento y John Whitelocke en el segundo. Las invasiones fueron repelidas, pero afectó poderosamente la autoridad española.