Los organismos
Origen y forma de los sistemas de clasificación

Los sistemas de clasificación tienen forma de dendogramas, cada nodo del dendograma es untaxón.

Los taxones sin ubicados en categorías taxonómicas.
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El primer sistema de clasificación de las características de los que se usan hoy en día fue el propuesto por Linneo en 1753, cuando publicó su Species Plantarum. Cabe señalar que no fue sino a partir de la aceptación de la Teoría de la Evolución propuesta por Darwin, cuando se empezó a pensar que la clasificación biológica debe reflejar lafilogenia de los organismos.
Hoy en día las reglas para dar forma a los sistemas de clasificación y para nombrar a los taxones estan escritas en el Código Internacional de Nomenclatura Botanica, al que los sistemas de clasificación deben atenerse.

Organización de los sistemas de clasificación

Los sistemas de clasificación tienen forma de dendogramas, cada nodo del dendograma se corresponde con un taxón (agrupación de organismos emparentados). A cada taxón se le asigna una categoría taxonómica.

Nombre de los taxones
Artículo principal: Nombre botanico.
Hoy en día, la propuesta de cada nuevotaxón debe estar acompañada de un nombre botanico que siga las normas del Código Internacional de Nomenclatura Botanica.

Sistemas de clasificación de las plantas
A lo largo de la historia los conocimientos de sistematica de plantas (tanto en diversidad de especies como en caracteres estudiados) se fueron acrecentando, y con ellos también la necesidad de modificar la circunscripción de los taxones existentes (esto es, de qué subtaxones estan compuestos) y de agregar algunos taxones nuevos, con el fin de reflejar los nuevos conocimientos de diversidad y filogenia.
Fue así como partiendo del sistema de clasificación de Linneo, se fueron emplazando diferentes sistemas de clasificación en el tiempo, que en general tomaban como base al sistema de clasificación anterior. Algunos fueron mas utilizados que otros. Cabe destacar que después de Darwin, muchos sistemas de clasificación intentaron reflejar la filogenia de las plantas, con las limitaciones y lagunas de conocimientos que había en cada época. A continuación una abreviada lista de los que tuvieron mas aceptación en la comunidad científica, algunos de ellos aún pueden ser encontrados ordenando las especies de muchas 'Floras' (libros de diversidad deespecies).
Sistema de clasificación de Engler
Artículo principal: Sistema de clasificación de las plantas de Engler.
Publicado por primera vez por Adolf Engler a fines del siglo pasado y continuado por sus colaboradores, y adaptado varias veces por otros investigadores (por lo que tiene numerosas variantes). Fue uno de los primeros que intentaron ser filogenéticos, y tuvo muchos aciertos (a los que curiosamente hoy en día se ha vuelto).

Sistema de clasificación de Cronquist
Artículo principal: Sistema de clasificación de las plantas de Cronquist.
Publicado por primera vez por Arthur Cronquist en 1981 y continuado en 1988, se centra en las angiospermas, fue probablemente el mas utilizado en los últimos años, hasta la llegada del sistema del APG. Fue basado principalmente en morfología, tuvo aciertos y desaciertos.
Sistema de clasificación de angiospermas de APG, APG II y APG III
Artículo principal: Sistema de clasificación de las plantas de APG III.
Publicado por primera vez por el grupo de botanicos autodenominado 'Angiosperm Phylogeny Group' (APG) en 1998, por segunda vez (para el que se autodenominaron 'Angiosperm Phylogeny Group II', o APG II) en el 2003, y por tercera vez por el APG III en el 2009, es un sistema de clasificación delas angiospermas. Fue creado por la necesidad de ver los avances en filogenia derivados de los analisis moleculares de ADN reflejados en un sistema de clasificación de las plantas con flores. La curiosidad de publicar bajo un nombre de grupo y no como lista de autores, que es como se hace normalmente, fue para evitar el problema del orden de autoría del trabajo.

Sistema de clasificación de angiospermas del APW
Artículo principal: Sistema de clasificación del APW
El Angiosperm Phylogeny Website (APW o APWeb), creado y actualizado por uno de los miembros de los APG (P. F. Stevens), partió de la clasificación APG II en el 2003 y fue actualizando la clasificación con cada publicación aparecida desde entonces. En el 2003 era un reflejo del sistema APG II, pero con los años fue sufriendo modificaciones, y si bien es el mas inestable (ya que es modificado con cada publicación) también es el que mas se acerca a lo que hoy en día se sabe de filogenia de angiospermas.

Sistema de clasificación de los helechos de Smith et al. 2006
Artículo principal: Sistema de clasificación de monilophytas de Smith et al. 2006.
Publicado por primera vez en agosto del 2006, al igual que el sistema del APG II, es un sistema de clasificación creado debido a la necesidad dever reflejados los avances en filogenia de helechos, en un sistema de clasificación de las plantas. Clasifica a lo que hoy en día se llama 'helechos' (clado Monilophyta), en clases, órdenes y familias. Los autores del sistema aclaran que aún no estan lo suficientemente investigados los géneros y especies a nivel molecular y genético, por lo que aún no es momento para crear un sistema de clasificación de géneros y especies, y de hecho algunas familias estan aún poco definidas.
Sistema de clasificación de las gimnospermas vivientes de Christenhusz et al. 2011
Artículo principal: Sistema de clasificación de las gimnospermas vivientes de Christenhusz et al. 2011
Publicado en febrero de 2011 [1], reconoce cuatro grupos de gimnospermas vivientes a los que se asigna el rango de subclase:Cycadidae, Ginkgoidae, Gnetidae y Pinidae. Los autores siguen la recomendación de Chase & Reveal [2], en el sentido de asignar el rango de clase a las plantas terrestres y el de subclase a los principales clados incluidos. Se reconoce que la posición de Gnetidae es problematica. Si la hipótesis 'gnepine' continuara ganando fuerza, los autores no proponen la fusión de las subclases Gnetidae yPinidae, sino la formación de una quinta subclase que incluyera a las coníferas no Pinaceae.