La bahía ha sido conocida desde el siglo XVI cuando los soldados españoles, durante las expediciones hacia Baja California (o isla de perlas, como ellos lo llamaron), llegaron a sus playas para conseguir agua, leña y comida fresca para sus naves. Hay muchas crónicas de ese tiempo que mencionan la belleza del litoral, la fertilidad de la tierra y la seguridad de los puertos que la bahía ofrecía a sus naves.
También eran necesarios durante los largos viajes, y en viajes desde y hacia Oriente para que las naves pudieran ser reparadas si fuese necesario y las tripulaciones pudieran tomar provisiones. Uno de los primeros en proponer el establecimiento en la Bahía de Banderas fue el Capitan Pedro de Unamuno después del viaje que hizo a Filipinas en 1587. Los navegantes famosos, como Sebastian Vizcaino, López de Vicuña y Gonzalo de Francis, mas de una vez llegaron a estas playas y también propusieron el establecimiento de una colonia, pero sus peticiones nunca recibieron atención.

En 1951, cien años después de su fundación, Puerto Vallarta celebra en grande. Ademas la boda de Doña Margarita Mantecón, de una familia bien establecida de Vallarta, con un consejero del presidente mexicano, Miguel Aleman, fue motivo para espléndidas fiestas. Tresnaves llegaron a la bahía para saludar al pueblo con 21 disparos de cañón; tres aviones aterrizaron en Los Muertos, llenos de reporteros y camarógrafos; y se trajo una reliquia de la 'Verdadera Cruz' a Vallarta.


Vista de la ciudad desde el cerro.
El 11 de noviembre de 1954, la aerolínea Mexicana de Aviación inauguró su vuelo Guadalajara-Puerto Vallarta. Aeronaves de México (AeroMexico) había disfrutado un monopolio en la ruta a Acapulco, pero Mexicana encontró en Puerto Vallarta un destino para competir con la famosa bahía en Guerrero. Los visitantes empezaron a venir de otros pueblos mexicanos y del extranjero. Entre ellos, Guillermo Wulff, ingeniero de México, D.F., y el famoso director de películas John Huston, quien escribió:
'Cuando vine aquí por primera vez, hace casi treinta años, Vallarta era un pueblo pesquero de unas 2000 almas. Había un solo camino al mundo exterior y era intransitable durante la estación de lluvias. Yo llegué en un pequeño avión, y primero había que ahuyentar al ganado del area en las afueras del pueblo para poder aterrizar'. (Huston, 1980. Un Libro Abierto)
Los concheros mas notables son los localizados en las zonas costeras de Matanchén y San Blas. De acuerdo con pruebas realizadas para conocer su antigüedad, se afirma que corresponden aproximadamente al año 3000 a. C.
Aunque se han encontrado restos de herramientas de fabricación humana, es significativa la ausencia de ceramica, ya que esto nos indica que se encontraban en estado nómada y que la agricultura aún no alcanzaba el desarrollo que los transformara ensedentarios.
Tuvieron que pasar mas de mil años, desde la llegada de los primeros pobladores, para que se transformaran sus habitos dejando de ser nómadas para convertirse en sedentarios. Fue hacia el año 1500 a. C. cuando gracias al descubrimiento de la agricultura los grupos humanos se vieron en la necesidad de establecerse en las regiones mas adecuadas para cultivar las plantas que les servían de alimento y domesticar a los animales que les eran útiles en su dieta alimenticia.
Las zonas costeras y los valles amplios bañados por los ríos mas grandes fueron los lugares seleccionados para fundar sus pueblos.

Horizontes culturales nayaritas
Ubicado el actual estado de Nayarit en el occidente de Mesoamérica, su desarrollo cultural prehispanico se enmarca en los horizontes propios de esa gran región, aunque con características particulares que lo hacen diferente.
Una caracterización general de los horizontes culturales en Nayarit puede ser la siguiente.

El Preclasico (1500 a.n.e. – 200 a.n.e.)
El Horizonte Preclasico del occidente mesoamericano se caracteriza por interesantes cambios que se dieron en la vida de los habitantes de la región. En este periodo se inició el sedentarismo gracias al descubrimiento de la agricultura, es decir, durante el Preclasico se inició el cultivo de la tierra, la elaboración de diversos artículos de ceramica para el uso doméstico y ceremonial, así como la construcción de tumbas con características diferentes a otras regiones de Mesoamérica.
Al Horizonte Preclasico pertenecen los restos arqueológicos encontrados en Los Cocos y Santa Cruz,localidades del municipio de San Blas, consistentes en vestigios de casas construidas sobre basamentos de tierra y piedra con abundantes herramientas y utensilios propios de pueblos con incipiente vida sedentaria.
Entre las herramientas y utensilios se encuentran navajas, cuchillos y martillos, así como artículos para la pesca y el hogar: redes, anzuelos, raspadores de concha y caparazones de tortuga. Es también en este periodo cuando se fue poblando paulatinamente el actual territorio nayarita; en su extenso litoral, en los valles y en la región serrana se han encontrado muestras de la existencia de grupos humanos.
Destacan las poblaciones sedentarias tempranas en los municipios de Ixtlan del Río, Xalisco y Santiago Ixcuintla, ademas de las localizadas en el municipio de San Blas.

Clasico (200 a.n.e. – 900 d.n.e.)
El Clasico es el horizonte cultural donde los pueblos mesoamericanos alcanzaron su maximo esplendor, se construyeron los grandes centros urbanos y ceremoniales como Teotihuacan, Monte Alban, Chichén Itza y otros. En el occidente mesoamericano, particularmente en el territorio del hoy estado de Nayarit, este periodo se conoce con el nombre de comunidades aldeanas; sus centros urbanos o ceremoniales no alcanzaron la magnificencia de las grandes urbes del sureste y del altiplano mesoamericano, pero a cambio aquí se desarrollaron manifestaciones culturales con características singulares que le identifican.
Fue en este periodo cuando practicamente se pobló todo el territorio de la entidad, basicamente en sus valles y en la región costera. La parte serrana también fuepoblandose aunque con grupos nómadas que vivían de la caza, la pesca y la recolección de plantas alimenticias. En la costa y en los valles la sedentarización fue el símbolo distintivo con un importante desarrollo agrícola: elaboraron instrumentos para el cultivo como la coa y aplicaron técnicas conocidas en Mesoamérica entre las que destacan el coamil, la de roza o tumba y quema, y el cultivo en terrazas.
Paralelo al desarrollo agrícola, el culto a los muertos mostró interesantes a

En 1970, el Presidente firmó un decreto declarando el 'desarrollo residencial y turístico en las tierras circundantes de Bahía de Banderasen los estados de Nayarit y Jalisco, así como las existentes comunidades' de conveniencia pública. Motivado por esto, el presidente expropió 1026 hectareas que, en 1973, se comenzaron a regular a través de la fundación del Fideicomiso de Puerto Vallarta. El cronista de la ciudad, don Carlos Munguía Fregoso, considera estos dos pasos como instrumentales en la edificación de Puerto Vallarta, pavimentando el camino para nuevas y significativas inversiones. Fue sólo después de 1973 que comenzó la construcción de grandes hoteles.
Dos años después de la apertura del Hotel Sheraton Buganvilias, en 1980, al final del periodo del Presidente José López Portillo, se devaluó el peso mexicano. Sin embargo, dice el proverbio, 'la desgracia de uno, es ventaja para otros' y mientras el resto del país sufrió, Puerto Vallarta disfrutó un período de prosperidad, algunos dicen, todavía no superado. 'El año 1983 era especialmente bueno,' dice don Carlos. 'Con su presupuesto duplicado de repente, los visitantes extranjeros llenaron los restaurantes y estaban de pie en las largas colas delante de las tiendas que apenas podrían mantenerse al ritmo de las demandas de sus clientes'. La clave para este dichoso florecimiento consistía en mantener los precios en pesos.