Francisco de Asís comenzó su experiencia religiosa llevando precisamente una vida de penitente, y los primeros frailes menores se presentaron al principio a sí mismos como “penitentes” de Asís. En unos pocos años, el movimiento franciscano se convirtió en formas de vida religiosa regular, tanto masculinas (los Frailes Menores) como femeninas (las Clarisas). Pero al mismo tiempo, bajo la inspiración directa de Francisco de Asís y de los primeros frailes menores fueron surgiendo fraternidades de seglares que vivían como Hermanos y Hermanas de la Penitencia y que se sentían integrantes de la gran Familia Franciscana. Para ellos Francisco pensó un proyecto de vida evangélica seglar dentro de su Familia Religiosa, del que nació la “Orden de la Penitencia” o Tercera Orden Franciscana.

El rapido crecimiento de las fraternidades de seglares franciscanos obligó a crear normas que regularan su forma de vida, su organización y su papel en la sociedad. Para ello el papa Honorio III aprobó en 1221 el Memoriale Propositi, que se ha considerado como la “primera regla” que la Iglesia entregó a los Franciscanos Seglares, y que recogía las orientaciones que Francisco había dado a las Fraternidades de Penitentes.

A lo largo del siglo XIII las fraternidades de penitentes franciscanos crecieron por toda Europa. Estas fraternidades locales estaban muy unidas entre sí, y desde muy temprano los franciscanos seglares sabían que formaban parte de una ordenuniversal. En el año 1230 una bula papal ya nombraba expresamente a los “Hermanos de la Tercera Orden de San Francisco”.

Pero la aprobación oficial de esta forma de vida por el Papa no llegaría hasta el año 1289. Fue entonces cuando el papa Nicolas IV aprobó una Regla para “todos los hermanos y hermanas de la penitencia” de San Francisco, que representaba la aprobación oficial de la Orden Tercera Franciscana, que es como se llamó durante mucho tiempo a la Orden Franciscana Seglar. La Regla de 1289, dejaba casi los mismos contenidos del Memoriale Propositi de 1228, aunque ordenandolos y estableciendo que los franciscanos seglares quedaban bajo el cuidado espiritual de los frailes de la Primera Orden.

Durante la Edad Media la expansión de la Tercera Orden Franciscana fue impresionante. La influencia de los franciscanos seglares en la sociedad medieval fue muy grande. Dentro de sus Fraternidades había gente de todos los grupos sociales de la época ayudando a eliminar poco a poco las bases de la sociedad feudal, apareciendo sentimientos democraticos. Sobre todo en Italia el movimiento penitencial franciscano ayudo a la sociedad de las ciudades, que sufrían a menudo la guerra y los enfrentamientos civiles. Sabemos también lo importante que fue el franciscanismo seglar en la Edad Media por la gran cantidad de santos de la época que hubo en la Orden.

En la Edad Moderna, la Orden Franciscana Seglar decayó en Italia y en los países dondetriunfó la Reforma Protestante, pero al mismo tiempo, desde principios del siglo XVII el franciscanismo seglar creció en Portugal, España y sus dominios en Europa y en el Nuevo Mundo. Durante esta época, sin embargo, la pertenencia a la Orden Tercera se convirtió mas bien en una moda, y buena parte de sus propuestas de vivir según el Evangelio en el mundo perdieron importancia frente a otras formas de devoción mas exteriores. Aun así los terciarios siguieron influyendo sobre la vida religiosa de los lugares donde se encontraban: en España, por ejemplo, las fraternidades franciscanas seglares impulsaron y dirigieron muchas cofradías piadosas e iniciativas de caridad y de asistencia social, como hospitales y escuelas.

Los acontecimientos políticos del siglo XVIII y XIX, que eliminaron las órdenes religiosas, dejaron en mala situación a las fraternidades de franciscanos seglares. Pero el franciscanismo seglar volvió a surgir desde la segunda mitad del siglo XIX gracias a la restauración de la Orden de Frailes Menores, que hacia un apostolado mas social y activo, la ola de simpatía hacia San Francisco que se vivió en aquella época y el apoyo de los varios Papas, muchos de ellos terciarios franciscanos. León XIII impulsó que los franciscanos seglares se adaptasen a los nuevos tiempos aprobando en 1884 una nueva versión de la Regla de la Orden Tercera mas simple y modernizada y ademas animó su propagación por todo el mundo.

Gracias aesto, en la década de 1930 se llegaron a alcanzar casi cuatro millones de terciarios franciscanos, miembros no sólo de la Iglesia Católica, sino también de otras confesiones cristianas, como la Iglesia Anglicana o el calvinismo.

Pero esa época no duró mucho tiempo y desde la década de 1940 la Tercera Orden Franciscana decayó rapidamente. Esto fue por la conversión de las fraternidades en simples “cofradías piadosas”.

A partir de mediados del siglo XX se esta estudiando la renovación y revitalización del franciscanismo seglar desde distintas ramas de la Familia Franciscana. Para ello fue decisiva la celebración del Concilio Vaticano II, que dio importancia al papel de los laicos en la vida de la Iglesia. Bajo el nuevo espíritu del Vaticano II se profundizó en la vida de los laicos en la Familia Franciscana, planteando la necesidad de volver a los auténticos orígenes de la forma de vida franciscana seglar, pero sin descuidar “la atención al Espíritu en la lectura e interpretación de los signos de los tiempos.” De este nació una nueva para los franciscanos seglares, para adaptar la espiritualidad franciscana al mundo actual, que son las que regulan la vida de las fraternidades franciscanas seglares en la actualidad.

Regla aprobada en 1978 por Pablo VI, Junto a la Regla, la Santa Sede promulgó unas nuevas Constituciones Generales en el año 2000 que son las que regulan la vida de las fraternidades franciscanas seglares en la actualidad.