Artículo principal: Entrevista de Guayaquil.

San Martín y Bolívar en la entrevista de Guayaquil.
La ciudad de Guayaquil sería la manzana de la discordia entre ambos Libertadores, y en ella se daría el encuentro que abriría el camino para la intervención colombiana en la lucha por la independencia peruana.
Al finalizar la campaña por la liberación de Ecuador, la ciudad de Quito y las demas provincias con excepción de la de Guayaquil constituida comoProvincia Libre desde 1820, habían declarado su anexión a la República de Colombia. En Guayaquil la opinión pública permanecía dividida entre partidarios de la anexión, fuera a Perú o a Colombia, y los que deseaban permanecer independientes de cualquier poder extranjero.

Tanto el Protector como el Libertador deseaban la anexión de la Provincia a sus estados, pero fue Bolívar el que actuaría con decisión, ocupando militarmente la ciudad el 13 de julio y proclamando dos días después la anexión de Guayaquil a Colombia.
Bolívar y San Martín se entrevistaron el 26 de julio, donde debieron tratar los temas sobre la soberanía de Guayaquil y la guerra en el Perú. Poco tiempo después de la entrevista, San Martín renuncia al protectorado. No tardaría mucho tiempo para que el Perú y Colombia se viesen en necesidad de emprenderjuntos la guerra contra los realistas y asegurar su respectiva independencia.


La entrevista entre San Martín y Bolívar tuvo lugar los días 26 y 27 de julio de 1822 en la ciudad de Guayaquil. Los dos libertadores, el del Norte y el del Sur conferenciaron a solas, sin la presencia de testigos. Es frecuente rodearla de misterio, por que para determinar lo realmente conversado entre ellos es necesario recurrir a fuentes indirectas o comentarios de los próceres a terceras personas. Existe ademas una polémica entre los historiadores bolivarianos y los sanmartinianos acerca de lo tratado por los libertadores en la entrevista. Para San Martín, lo conversado en las reuniones era un secreto que se debía guardar para no poner en peligro las operaciones militares contra los realistas que todavía no estaban definidas, y, por varios años, no reveló lo conversado. Bolívar, en cambio, produjo a los pocos días varios informes, redactados por su secretario, en el que da su versión acerca de lo tratado con San Martín en Guayaquil, pero en ellos, Bolívar omitió el pedido de San Martín de unir ambos ejércitos y de este modo terminar en forma rapida la guerra.

El contexto internacional
En Europa estaba vigente una alianza de los reinos mas poderosos del momento, llamada “La Santa Alianza”. Se había formado luego de la derrotade Napoleón y estaba compuesta por Austria, Prusia, Inglaterra, Rusia y Francia. La forma de gobierno consentida en Europa era la monarquía constitucional y el sistema republicano era pensado como una fuente de anarquía y desorden.

Campañas de San Martín
Las tropas rioplatenses, reunidas con las chilenas, derrotaron a los realistas en la batalla de Maipú, 5 abril de 1818, cerca de Santiago de Chile. El próximo paso en el plan de San Martín era la conquista del Perú. Era preciso el dominio de Océano Pacífico, que, por el momento, lo ejercía la flota española. Se creó una escuadra argentino/chilena concediendo el mando al almirante ingles Tomas Cochrane. Esta fuerza naval libró varios combates derrotando a la flota española del Pacífico y despejando el camino para la expedición a Lima. El 20 de agosto de 1820 partían las naves de la expedición al Perú desde Valparaíso, al mando de Cochrane, mientras las fuerzas terrestres estaban al mando de San Martín, que también era el general en jefe de toda la fuerza, tanto naval como terrestre. Luego de algunas escaramuzas los realistas decidieron abandonar Lima sin librar batalla. El 5 de julo de 1821 se retiraron de la ciudad dejando el terreno abierto para San Martín, quien se instaló con su ejército en Lima, declaró la Independencia del Perú el 28 de julio de1821 y asumió la jefatura del gobierno con el título de Protector del Perú.
Campañas de Bolívar
Mientras tanto, Bolívar, luego de algunas derrotas militares que lo alejaron del Continente, a partir del año 1818 volcó la situación definitivamente a favor de los patriotas y desde entonces practicamente su avance se hizo imparable. Bolívar venció a los realistas en la Batalla de Boyaca, el 7 de agosto de 1819 y durante los próximos dos años, la oposición fue completamente eliminada. El 24 de junio de 1821 en la Batalla de Carabobo obtuvo una victoria decisiva sobre el ejército español.
Situación de Guayaquil
Mientras esto acontecía, en octubre de 1820, el Puerto de Guayaquil proclamó su independencia de España. José Joaquín de Olmedo, designado jefe político de la provincia convocó a un cabildo abierto el cual se reunió el 9 de octubre. En él se decidió nombrar y ratificar autoridades, siempre y cuando juraran lealtad al nuevo régimen independiente.
Al poco tiempo, el general colombiano, Antonio José de Sucre, entró con sus tropas en Guayaquil y firmó otro acuerdo entre la Junta de Guayaquil y el Gobierno de Colombia. Pero las fuerzas de Sucre fueron derrotadas por el general español, Aymerich, por lo que la junta guayaquileña, con fecha 17 de septiembre de 1821, se dirigió a San Martín, solicitandoleauxilio militar. San Martín envió la división del norte, al mando de Andrés de Santa Cruz que estaba compuesta por tropas del Río de la Plata, chilenas, peruanas, y los Granaderos a Caballo, la elite del ejército de San Martín. Se reunieron ambas fuerzas y Sucre avanzó con su ejército hasta las lomas de Pichincha, donde el día 24 triunfó el ejército libertador. El 29 de mayo de 1822 Quito quedaba incorporado a la República de Colombia.
Las intenciones de San Martín y de Bolívar con respecto de la provincia de Guayaquil eran distintas: mientras San Martín proponía para determinar el futuro de Guayaquil una consulta con el voto de la provincia, Bolívar entendía que Guayaquil era parte de Colombia y que ella por sí no podía determinar acerca de su independencia o de su anexión al Perú. Estaba decidido a incorporar la provincia a Colombia. Llegó a Guayaquil el 11 de julio y aquel mismo día se presentó ante el Cabildo, donde se discutió la incorporación de Guayaquil a Colombia, produciéndose la anexión el 13 de julio de 1822.
La Entrevista
Sin estar al corriente de estos hechos, el 14 de julio, el Protector zarpó del Callao a bordo de la goleta 'Macedonia', rumbo a Guayaquil. El día 25 fondeaba en la isla de Puna situada en la entrada de la ciudad. Allí encontró que Bolívar había resuelto en forma definitiva yunilateral el problema en torno a esa provincia y que los miembros de la junta y algunos simpatizantes de su anexión al Perú se habían refugiado en los barcos de la escuadra peruana surtos en dicho puerto.
Al mediodía del 26 de julio de 1822, descendió San Martín con su comitiva y una pequeña escolta. Desde el muelle hasta la casa escogida para el encuentro de los dos libertadores había formado un batallón de infantería que hizo los honores que, por su alta graduación y rango, se le debían. Al llegar a la residencia, Bolívar lo esperaba al pie de la escalera. Comenzaron enseguida las felicitaciones de las corporaciones, de las diversas personalidades y de las damas guayaquileñas. Concluido el ceremonial del recibimiento, ambos libertadores tuvieron su primera entrevista en tierra, la cual fue a puertas cerradas y sin testigos, prolongandose por espacio de hora y media. La tarde del mismo 26, el Protector visitó a Bolívar  en su casa, teniendo ambos  caudillos una nueva entrevista confidencial, aunque esta vez  mas corta, pues duró aproximadamente una media hora. Al término de ella, el Protector se retiró a su alojamiento, donde en aquella noche del 26 recibió el saludo de numerosísimas personas.
El día 27 sería el último de permanencia en Guayaquil de San Martín. Antes de ir a visitar nuevamente al Libertador,dejó arreglado todo el equipaje, porque tenía la intención de partir inmediatamente después de su asistencia a la fiesta, que en su honor, se daría esa noche en el Cabildo. Al mediodía el Protector abandonó su alojamiento y se trasladó a casa del Libertador, donde sostuvo con éste una tercera entrevista que se prolongó de la una a las cinco de la tarde. Luego, ambos se trasladaron a un gran salón donde se llevó a cabo un banquete. Mas tarde, San Martín asistió al baile ofrecido en su honor. A la una de la mañana, del ya 28 de julio, el Protector comunicó al Libertador su retiro, el cual se llevó a cabo en forma sigilosa, sin que nadie se diese cuenta, a través de una puerta excusada. Después de mas de 20 días de travesía, San Martín llegó a Lima el 19 de agosto, siendo aclamado vivamente por el pueblo.
Conclusiones
Hasta ahora hemos narrado el aspecto externo del encuentro entre San Martín y Bolívar. Como las reuniones se realizaron sin la presencia de testigos, lo tratado en ellas lo podemos saber por referencias directas ¾escritas por los mismos actores¾ o indirectas, que corresponden a diversos testimonios de los allegados a ambos. Todo el desarrollo de estas referencias y mis conclusiones puede verse en el texto completo.
San Martín fue a Guayaquil a solicitar la unión de los dos ejércitos para terminarla guerra de la independencia de América del Sur. En los días previos al encuentro también había solicitado refuerzos a Chile y las provincias del norte de las Provincias Unidas del Río de la Plata. Ademas le propuso a Bolívar la Jefatura Suprema del que tendría que ser el ejército unido libertador y le ofreció servir a sus órdenes, pero en vista que Bolívar no aceptó, San Martín decidió dejarle campo libre para que Bolívar concluyera dicha gesta libertadora. Guardó el secreto de lo tratado en la entrevista pues la guerra de la Independencia no estaba concluida y los realistas tenían un importante ejército en el Alto Perú.
 Los primeros informes de Bolívar omiten el pedido de refuerzos para terminar la guerra que había hecho San Martín, pero sus allegados señalan que San Martín expresó la necesidad de la ayuda del ejército colombiano para terminar la guerra. Lo que esta claro es que Bolívar no pudo o no quiso aunar ambos ejércitos y dirigir la guerra contra los españoles en el Perú bajo una sola jefatura.
Como conclusión, puedo decir que el tema militar fue el punto central de la entrevista y que al producirse el desencuentro se produjo también el desencanto. Ambos personajes no quedaron satisfechos con la entrevista y es por ello que en sus testimonios se trasluce ese desconcierto y esa desilusión.