Dentro de esta época fue muy próspero el crecimiento espiritual, material y cultural de Guadalajara, pues el indígena no volvió a crear mayores problemas a los españoles, sino al contrario: se incorporó a la nueva forma de vida que ofrecía el mestizaje.
Por este motivo el número de habitantes se incremento, así como las escuelas, hospitales, templos y conventos, en una ciudad mas grande en extensión pero que continuaba de un solo piso, con casas de adobe y un buen número de mesones y macheros para los comerciantes y las mercaderías que pasaban por Guadalajara. En tiempos del Obispo Ruiz Colmenero creció la devoción por algunas advocaciones de la Virgen, tanto la de Zapopan y la de La Soledad, como la de San Juan de los Lagos, para corresponder a las necesidades del pueblo y, a la vez, Guadalajara recibió a varias órdenes religiosas mas: dominicos, mercedarios, carmelitas descalzos y juaninos. Todos dejaron enormes conventos que ennoblecieron a la ciudad, de algunos de los cuales hoy quedan restos.

A fines del siglo XVI, llegaron a Guadalajara las primeras monjas dominicas. Venían de la ciudad de Puebla y construyeron el convento de Santa María de Gracia para vivir en él. Mas adelante, hubo una extensión de este monasterio en el de Jesús María. A finales del siglo XVII llegaron también las religiosas carmelitasdescalzas de la ciudad de Puebla, a fundar su casa en Guadalajara, donde ya se había construido un convento para ellas, el de Santa Teresa. Desde el siglo XVI, los niños aprendían a leer, a escribir y, a veces, un poco de gramatica. Aquellos que deseaban estudiar mas se veían obligados a ir a la ciudad de México, donde estaban los mejores colegios, incluida la Real y Pontificia Universidad de México.
En atención a que es una época con marcada influencia religiosa, los frailes, especialmente franciscanos, agustinos, dominicos, mercedarios, jesuitas y carmelitas descalzos, hicieron mucho esfuerzo por mantener institutos propios de formación religiosa, estableciendo clases de teología y estudios mayores, así como sus noviciados. El clero diocesano no contó con un seminario sino hasta fines del siglo XVII.
La ciudad fue adquiriendo mayor importancia para la Corona Española, por lo que, a finales del siglo XVII los obispos eran de mayor edad y, por tanto, personalidades de relevancia social con gran cultura, ademas los criollos ya manejaban el Ayuntamiento.
La vida de la ciudad era mucho mas tranquila que la de la capital del virreinato. Sólo se veía afectada su paz durante las fiestas religiosas y muy en especial la del Paseo del Pendón y la del 29 de septiembre, día del patrono de la ciudad, San Miguel Arcangel.
Todo lo que se hizo en los siglos XVI y XVII para las artes, la cultura, el culto divino y la religión, fue muy pobre, especialmente las letras pues no habíaimprenta. Sobresale, sin embargo, la figura del fraile franciscano Juan Guerra, quien publicó en 1692 un texto sobre la lengua indígena que se hablaba por este rumbo.

En cuanto a cultura, historia y literatura, la mayor obra fue La Crónica Miscelanea de la Santa Provincia de Jalisco, del también fraile franciscano Antonio Tello. Hubo unas cuantas aportaciones mas de otros religiosos. Sin embargo, esta carencia hizo pensar a las autoridades neo gallegas en la posibilidad de una universidad, de una imprenta y de buscar buenos modelos a seguir. A finales del siglo XVII y principios del XVIII, eran dos los intereses principales en la capital tapatía: El Comercio y La Evangelización, colonización del Noroeste. La población estaba constituida mas o menos como en la centuria anterior: españoles peninsulares, criollos, mestizos, indígenas, algunos chinos, unos cuantos japoneses y buena cantidad de negros laboríos, entre todos los cuales se fueron enriqueciendo las castas.
Estos últimos se mantenían trabajando como sirvientes. A esto hay que agregar que Guadalajara era meta propicia para la inmigración de portugueses, judíos y hasta indígenas chichimecas. La agricultura fue común en esta época. Muchas familias de Guadalajara tenían grandes terrenos destinados para la siembra y recolección, sobre todo del maíz. Se cosechaba cacao y caña de azúcar, aunque el comercio con la plata, la minería y la ganadería, también fueron actividades importantes de los vecinos de estaciudad.

Antiguo Colegio Jesuita de Santo Tomas de Aquino

También se encuentra el antiguo colegio jesuita de Santo Tomas de Aquino, edificado en la última década del siglo XVI y que en 1792 fue ocupado por la Universidad. De la construcción sólo persisten lo que fuera la iglesia, con su monumental cúpula del siglo pasado, y la capilla de Loreto anexa, edificada en 1695 por Juan María de Salvatierra. El templo de San Juan de Dios, que antiguamente fue la capilla de la Santa Veracruz, edificada en el siglo XVI por don Pedro Gómez Maraver, se levantó en el siglo XVIII con fachada barroca de sobrias características. La iglesia de la Merced, con un estilo barroco similar al de San Juan de Dios, aunque mas recargado, fue fundada en el siglo XVII por los frailes Miguel Telmo y Miguel de Albuquerque.

El templo de la Soledad

El templo de la Soledad, fue construido hacia finales del siglo XVII y principios del XVIII a instancias de doña Juana Romana de Torres y su esposo el capitan Juan Bautista Panduro. En el lugar estuvo la cofradía de Nuestra Señora de la Soledad y del Santo Sepulcro, ocupando una capilla dedicada a San Francisco Xavier. El templo y colegio de San Diego, obra del siglo XVII; el primero con una portada muy sobria que ya parece pertenecer al estilo neoclasico y el segundo con una bella arquería que ornamenta su viejo claustro.

La iglesia de Jesús María

La iglesia de Jesús María, anexa al convento del mismo nombre, fue fundada en 1722;aún conserva sus portadas barrocas, sobre las que se ven esculturas de bulto que representan a la Sagrada Familia, la Virgen de la Luz, San Francisco y Santo Domingo.

Templo de Nuestra Señora de Aranzazu

Por último es importante resaltar tres construcciones religiosas mas que se han perfilado por ser los mejores ejemplos, cada una en su tipo, del desarrollo de la arquitectura colonial en Guadalajara, principalmente entre los siglos XVII y XVIII. Así tenemos la, de mediados del siglo XVIII, con su curiosa espadaña y su interior ornamentado con magníficas pinturas y retablos churriguerescos de la misma época y considerados los mejores de la ciudad.

Convento e iglesia de Santa Mónica

El convento e iglesia de Santa Mónica, fundado por el padre Feliciano Pimentel en la primera mitad del siglo XVIII; su templo exhibe una doble portada con una rica ornamentación catalogada como la mejor muestra del estilo barroco salomónico exuberante. El templo de San Felipe Neri, construido en 1766 por el arquitecto Pedro Ciprés, forma un conjunto de extraordinaria sobriedad que incorpora en su ornamentación elementos con reminiscencias platerescas, aspecto que coloca al templo como el mejor edificio religioso de Guadalajara.

La Catedral de Guadalajara o Catedral de la Asunción de María Santísima

Es parroquia sede de la Arquidiócesis de Guadalajara y uno de los edificios mas representativos de la ciudad, no sólo por sus torres con agujas neogóticas, sino porque tieneuna gran historia.
El 18 de mayo de 1561 se obtuvo la autorización por Cédula Real para edificar la iglesia Catedral, cuyo costo sería cubierto por la Real Hacienda, los encomenderos y los indios (disposición que no se cumplió del todo); así que el 31 de julio de 1561, Fray Pedro de Ayala quien fue el segundo obispo de la Nueva Galicia, colocó y bendijo la primera piedra de este bello templo.
A la ceremonia de esta colocación asistieron los cabildos eclesiastico y civil, la Real Audiencia y los nobles de la ciudad.
Hasta el día 30 de mayo de 1574 todo había transcurrido con normalidad, sin embargo, mientras se celebraba una misa, unos vecinos lanzaron unos disparos al aire en el corral contiguo, algunos cayeron en la iglesia y esta se incendió. La iglesia quedó semidestruida.
Por cédula real se obtuvo el dinero para la nueva catedral. La obra avanzó muy despacio, pues escasearon los fondos, mas para febrero de 1618 el maestro arquitecto Martín Casillas y Martin Casollas había llevado los trabajos a su término. Por fin en abril del mismo año se trasladó el Santísimo Sacramento, de la antigua iglesia a la nueva. En el año de 1818,un fuerte terremoto sacudió a la ciudad, y cuando este terminó había ocurrido una nueva tragedia: las torres y la cúpula se habían derrumbado. Fueron sustituidas por unas nuevas, mismas que también se derrumbaron por un posterior terremoto en el año de 1849. Las nuevas torres fueron construidas por el Ingeniero Arquitecto ManuelGómez Ibarra, costando 33,521 pesos, se tardaron tres años en ser construidas y fueron terminadas en 1854. El Papa Pío XII la elevó al rango de basílica menor, dedicandola a la Asunción de María Santísima.

En las construcciones que corresponden a la arquitectura civil, hay algunos edificios admirables, entre los que se puede mencionar el Palacio de Gobierno, antiguas casas reales que fueron modificadas en el siglo XVIII siguiendo un proyecto del ingeniero militar Juan Francisco Espino, aunque la fachada fue obra de Miguel José Conique. La edificación fue concebida en esencia al estilo barroco, pero se notan ya en ella ciertas tendencias neoclasicas. En el recinto funcionaron las oficinas reales, que estuvieron en el desaparecido Palacio de Medrano, y las salas de audiencia.

Tenemos ademas el que fuera el Seminario Conciliar dedicado a San José inaugurado por el obispo Galindo y Chavez en 1701, hoy ocupado por el Museo Regional de Guadalajara, con su claustro principal de columnas del tipo toscano y sus portadas barrocas. El famoso Hospicio Cabañas levantado a principios del siglo XIX, siguiendo los planos del ilustre arquitecto Manuel Tolsa, dirigiendo la obra José Gutiérrez y concluido años después por el arquitecto Gómez Ibarra, y que constituye un notable ejemplo del estilo neoclasico.

Entre otras construcciones menores que brindaron unidad estilística a la ciudad de Guadalajara pueden mencionarse, aunque no todas se conservan: la señorial casona delsiglo XVI que estuvo frente a la que fuera la plazuela de San Sebastian del barrio de Analco. La casa de la calle de la Alhóndiga Núm. 114, actualmente Pino Suarez. Las residencias que fueran de los Sanchez Leñero en el Núm. 37 y la de don Dionisio Rodríguez en el Núm. 133 de la calle de Alcalde. La casa de los Calderón, tradicional dulcería colonial fundada en 1729 y ubicada en la esquina de las antiguas calles de Santa Teresa y Santuario, hoy Morelos y Pedro Loza; la de Francisco Velarde, de estilo neoclasico, y por último la que fuera la mansión de los Cañedo, ubicada frente a la parte posterior de la Catedral.

En las cercanías de Guadalajara, tercer ciudad en importancia del país, se encuentra la antigua villa de San Juan Bautista Melzquititlan, hoy San Juan de los Lagos. Esta localidad se ha convertido en un importante centro religioso por la gran tradición milagrosa de la imagen de la Virgen María que conserva su basílica, edificada a mediados del siglo XVII por don Juan Rodríguez Estrada. En el mismo poblado se pueden ver otras construcciones como el templo de Tercera Orden, la capilla del Calvario, la capilla del Primer Milagro, que datan de los siglos XVII y XVIII. También existen en la población importantes inmuebles de caracter civil como el Palacio del En Colegio y el edificio de los Diezmos, entre otros.
la localidad de Lagos de Moreno se puede apreciar su parroquia principal, obra del siglo XVII con una bellísima fachada de estilo churrigueresco.