CONQUISTA DE MEXICO EN JALISCO
Una vez sometidos los tarascos, en lo que hoy es el Estado de Michoacan, dos razones primordiales hicieron que los españoles siguieran incursionando en dirección al poniente. Por un lado, la búsqueda de un puerto adecuado para establecer un astillero y zarpar de ahí en busca de las costas asiaticas; por otro, localizar los yacimientos que habían abastecido a los tarascos de metales preciosos, después de haberles arrebatado todo el oro y la plata que habían encontrado en su posesión.

Así, a fines de 1522, Cristóbal de Olid penetró por la sierra de Mazamitla hasta llegar a lo que hoy esTamazula. Pronto regresó a Tzintzuntzan, la antigua capital purépecha que servía de base de operaciones, dejando a un primo de Hernan Cortés, llamado Hernando de Saavedra, a cargo de las minas del area explorada.

Por instrucciones de Hernando, Gonzalo de Sandoval fundó una villa de españoles entre Tecoman y el mar, a la que le dio el nombre de Colima el 25 de julio de 1523, con lo que se estableció otra plataforma para dominar la región. Como consecuencia, durante el mes de agosto de 1524, Cortés dispuso que otro pariente suyo, Francisco Cortés de San Buenaventura, fuese su lugarteniente en la Villa de Colima y sus comarcas, que repartiera tierras e indios y realizara expediciones hacia el norte para conocer la costa y buscar metales preciosos.Vuelto a Nueva España desde principios de 1530, Hernan Cortés esperó a que fuesen cambiados los funcionarios de la Real Audiencia de México para reclamar la posesión de Tamazula y Amula; pero, ademas, contraatacó solicitando también Ahuacatlan y Xalisco, argumentando que su enviado Francisco Cortés de San Buenaventura había sido el primero en ocuparlas.

Las cinco villas fundadas por iniciativa de Nuño de Guzman, San Miguel, Chiametla, Compostela,Purificación y Guadalajara, dieron lugar a la primera división administrativa del territorio. Sin embargo, el número de ellas era demasiado pequeño para imponer el modo de vida a que aspiraban los españoles, y su inestabilidad inicial una muestra de que los lugares elegidos con criterio de conquistador no resultaron ser los mas convenientes para la colonización. En efecto, al cabo de una década ninguna villa permanecía en el mismo sitio.

Cuando a principios de 1533 Nuño iba rumbo al Panuco, visitó el solar donde esta villa se encontraba y comprendió que era demasiado grande el esfuerzo requerido para vivir ahí a cambio de las magras ventajas. En consecuencia, accedió a la petición de buscar otra sede, pero sin que los colonos cruzaran la barranca hacia el sur, a efecto de mantener su presencia en la cazcana. Sin embargo, los moradores no acataron este requisito y, cuando Guzman volvió a mediados de1534, se los encontróinstalados en el valle de Tonala, mas fértil y poblado que cualquier lugar de toda la cazcana; con la ventaja adicional de que eran una mano de obra mas apta por tratarse de indígenas sedentarios.

La presencia de una población hispana en estos lugares no era sólo del interés de Guzman, como lo muestra el hecho de que, para mejorar la situación jurídica de Guadalajara, en 1539 el Rey atendió la solicitud del cabildo de la villa y le concedió las prerrogativas de ciudad y un flamante escudo de armas. De tal modo los aborígenes de Nueva Galicia pasaron a su nuevo estado llenos de virulencia y, por lo mismo, propensos a insubordinarse.

Poco a poco algunos de estos grupos aislados irían adquiriendo mayor coherencia, de manera que, en 1538, empezaron a surgir síntomas de una incipiente revuelta, llamada Rebelión de los Cazcanes, pues se dio en la región que se conoce como Cazcanes, en Jalisco yZacatecas; a la larga, acarrearía serias mortificaciones a los españoles y provocaría cambios sustanciales en el mapa político de Nueva Galicia.

Los dos principales jefes indígenas rebeldes que se recuerdan son Coaxícar, en la zona de Hostotipaquillo, y Tenamaxtli, vencedores dePedro de Alvarado, en Nochistlan, Zacatecas. Este murió a causa de una herida en la Guerra del Mixtón. A esta rebelión también se le conoce como La Guerra del Miztón, por que así se llama el monte endonde se dio la batalla mas importante; el virrey Antonio de Mendoza aniquiló la resistencia en el Míztón, en octubre de 1541.

Fue al mediar 1540 cuando Oñate comprendió que no bastaban los recursos neogallegos para hacer frente a la situación y pidió ayuda a Mendoza. Este le mandó algunos refuerzos directamente a Guadalajara y ordenó a Pedro de Alvarado que acudiese perentoriamente en defensa de sus paisanos en peligro. Finalmente el Virrey logró ponerse al frente de uno de los mayores ejércitos que se vieran en acción durante toda la época colonial para acudir a pacificar Nueva Galicia. Se dice que sobrepasaba los 50 mil individuos, mismos que el 29 de septiembre emprendieron el camino de Guadalajara a toda la velocidad que le era posible a un contingente de tal magnitud.

Nueva Galicia había sido 'pacificada' 'a fuego y sangre', 'de seis partes de indios murieron cinco', lo cual significa, simple y llanamente, que había sido asolada por el ejército de Mendoza, pero no que se hubiera instaurado la paz completa. Su debilidad, que le impidiera defenderse por sí sola de la revuelta, se había incrementado. Ahora, a causa de ella, quedaba bajo la autoridad militar del virrey de la Nueva España y éste cargaría a su vez la responsabilidad de protegerla, estableciéndose un lazo de dependencia respecto de la ciudad de Méxicoque persistiría durante toda la época colonial.