La microbiología se relaciona con varias ciencias
En ciencias de la salud, la microbiología es una especialidad en la cual se logra el diagnóstico de las potenciales causas infecciosas de diversas enfermedades. En este terreno, se reconocen las afecciones provocadas por bacterias, virus, hongos y parasitos de distintas características.
Estas pueden ser
Fisiología microbiana: estudio a nivel bioquímico del funcionamiento de las células microbianas.
Genética microbiana: estudio de la organización y regulación de los genes microbianos y como afectan el funcionamiento de las células.
Microbiología Clínica: Estudia la morfología de los microbios.
Microbiología médica: estudio del papel de los microbios en las enfermedades humanas.
Microbiología veterinaria: estudio del papel de los microbios en la medicina veterinaria.
Microbiología ambiental: estudio de la función y la diversidad de sus microbios en sus entornos naturales.

Microbiología evolutiva: estudio de la evolución de los microbios.Microbiología Industrial: estudia la explotación de los microbios para procesos industriales como por ejemplo la fermentación industrial y el tratamiento de las aguas residuales.
Aero microbiología: Estudio de los microorganismos transportados por el aire.
Microbiología de los alimentos: Estudio de los microorganismos que estropean los alimentos.
Bacteriología: estudio de los procariotas (Bacterias, arqueas)
Virología: Estudio de los virus.
Micología: estudio de los hongos.
Parasitología: estudio de los parasitos.
Micropanteología: estudio de los microfósiles.
Palinología: estudio del polen y esporas.
Ficología: estudio de las algas y microalgas.
Protozología: estudio de los protozoos.

En la odontología: - En la boca se haya el ecosistema microbiológico mas extenso de todo el cuerpo humano. Los tratamientos antibióticos son específicos para cada tipo de infección y hay que saber qué bacterias resultan afectadas o estan implicadas en las distintas enfermedades orales (caries, enfermedad periodontal etc…)