La región fue habitada por otomíes. La conquista espiritual principalmente corrió a cargo del franciscano Juna de Padilla. El pueblo primeramente estuvo en el lugar llamado Jaconoxtle y en la primera mitad del siglo XVIII se asentó en el actual sitio. Con la conquista, Atemajac quedó enclavada entre los pueblos de la llamada Provincia de Avalos y con posterioridad quedaron las provincias adscritas a la Nueva Galicia.
El 22 de noviembre de 1824, por el Art. 9° (que adiciona los artículos del Plan de División Provisional del estado) se decretó: Los pueblos de Atemajac y Juanacatlan se agregaran al departamento de Zacoalco. Perteneció al IV cantón de Sayula y tercer departamento de Zacoalco.

El 25 de abril de 1903, por decreto 997, el Congreso del Estado expidió un decreto que dice: La población de Atemajac de las Tablas, del 4° Cantón del estado se llamara en lo sucesivo Atemajac deBrizuela. Tal designación fue en honor del Coronel Miguel Brizuela. Atemajac de Brizuela existe como municipalidad desde el año de 1884, por decreto del 4 de abril llamado antes Atemajac de las Tablas.


Miguel Brizuela
Miguel Brizuela fue un militar mexicano. Nació en Colima el 7 de octubre de 1822, sin embargo, desde su juventud se radicó enAtemajac, donde se desempeñó como jefe de la fundición mas importante de la época. Fue, durante varias ocasiones como diputado local por Jalisco. Durante la Segunda Intervención Francesa en México se dedicó, de forma secreta, a la fabricación de cañones, armas y parque. Finalmente, Brizuela murió luchando en la Batalla de La Coronilla, cerca de Acatlan de Juarez, donde se logró un claro triunfo el 18 de diciembre de 1866. El pueblo donde radicó, posteriormente fue llamado Atemajac de Brizuela.