RESUMEN
Aisladores potenciador de bloqueo son elementos de ADN que interrumpen la
comunicación entre una secuencia reguladora, tal
como un
potenciador o un silenciador, y un promotor. Aislantes participan tanto en
la regulación transcripcional y la organización nuclear mundial,
dos características de la cromatina que se cree
que se mantendra de una generación a otra a través de los
mecanismos epigenéticos. Por otra parte, hay
muchos mecanismos de regulación en el lugar que potencian o dificultan
la actividad aislante. Estos modos de regulación pueden ser
utilizados para establecer aislante actividad específica de tipo celular
que se epigenetically heredado a lo largo de una célula y / o el linaje del
organismo. Esta revisión se discutira la
evidencia de la herencia y la regulación de la función aislante
epigenética.
Palabras clave: aisladores, epigenética herencia, la cromatina, la
organización Nuclear
INTRODUCCIÓN
Organización de la cromatina en las células eucariotas
esta regulada tanto a nivel local y global por un sistema muy complejo
de elementos de ADN y las proteínas y ARN que interactúan con
ellos. Los aislantes son elementos de ADN reguladores que crean
límites en la cromatina, que delinean las gamas
mas que otras influencias reguladoras tengan efecto. Hay dos tipos
de aisladores: aisladores potenciador de bloqueo, que impiden la
comunicación entre los elementos de la secuencia discretas
(típicamente potenciadores y promotores) cuando se encuentra entre
ellos, y los aisladores de barrera, que impiden la propagación
deheterocromatina ( Gaszner y Felsenfeld,
2006 ). Esta revisión se centrara en
los aisladores de potenciador de bloqueo.
En Drosophila melanogaster hay múltiples aisladores conocidos
definidos por sus proteínas de unión, supresor de Hairy Wing [Su
(Hw)], Factores Boundary Element asociados (Beaf-32A y 32B) Beaf-, Zeste-blanco
5 (ZW5), GAGA Encuadernación Factor (GAF), y la mas recientemente
identificada, Drosophila CTCF (dCTCF).Sin embargo, en los vertebrados
la única proteína aislante conocido es-CCCTC de unión al
factor (CTCF) (Valenzuela y Kamakaka, 2006 ; Wallace y Felsenfeld,
2007 ). Se desconoce si la CTCF vertebrados cumple las funciones de
todas las proteínas de aisladores que se encuentran en Drosophila , o si otras proteínas de aisladores
de vertebrados aún no se han descubierto.
Aunque el trabajo previo se centró principalmente en descifrar los
mecanismos por los que los aislantes bloquean la comunicación entre un promotor y un promotor, el campo se ha desplazado
recientemente a una visión mas global de los
aisladores. Aquí hablamos de lo que se conoce acerca de la herencia
y la regulación de la información aislante, areas que
deben entenderse a fin de colocar los aisladores en el contexto de un sistema de desarrollo epigenético.
UN PAPEL PARA AISLADORES EN LA ORGANIZACIÓN NUCLEAR
Hay varios modelos de cómo aisladores potenciador de bloqueo de
interrumpir la comunicación entre potenciadores y promotores. Nos
referiremos a ellos como
el modelo promotor señuelo, el modelo de barrera física, y el
modelo de dominio de bucle. Los modelos no
sonnecesariamente excluyentes entre sí, por lo que potencialmente
cualquier aislador podría emplear uno o una combinación de
mecanismos para poder funcionar correctamente. Según el
modelo de señuelo promotor, potenciador de un aislador de bloqueo
recluta componentes de la maquinaria de transcripción que hacer que se
asemejan a un promotor en el nivel molecular.Este parecido le permite competir
con los promotores de buena fe para la interacción con los potenciadores
(Geyer, 1997 ). Este modelo es consistente con el hecho de que el ADN
y el ADN promotor de aislante se ha observado que colocalize ( Yoon
et al, 2007. ; Zhu et al, 2007. ). Sin embargo, la
interacción entre los aisladores y promotores a sí mismos
también se ha observado ( Yoon et al.,
2007 ), que podría indicar que un mecanismo alternativo es
responsable de ambas observaciones. Ademas, es poco probable que
sea el único mecanismo que subyace a la función de bloqueo de
potenciador de promotor de señuelo, principalmente porque no explica la
naturaleza direccional del efecto potenciador de bloqueo - es decir, por
qué un promotor de quedaría atrapado por un aislante situado en
la misma dirección como el promotor, y no por un aislante a la misma
distancia, pero en la otra dirección. El modelo de la
función de barrera física aislante propone que una señal
molecular procedente del potenciador, tal como un complejo de ARN
polimerasa de transcripción ( Kong et al,
1997. ; Tuan et al, 1992. ), simplemente 'se encuentra
con' el complejo aislante y esta incapaz de seguir
avanzando. De acuerdo coneste mecanismo es la observación de que la
inserción de un terminador de la transcripción, el complejo Laco
/ R, entre un potenciador y un promotor reduce la función de potenciador
( Ling et al., 2004 ). Ademas,
cuando se colocaron las β-globina de pollo 5 'HS4 (cHS4) aislante entre el
potenciador HS2 humana y su gen de globina de destino, la ARN polimerasa II
cantidades acumuladas en el aislador y la reducción en el promotor del
gen, lo que sugiere que la progresión de la polimerasa bloques aislantes
desde el potenciador del promotor ( Zhao y Dean,
2004 ). Sin embargo, esto podría no ser un mecanismo universal
de aislamiento, como aislantes situadas dentro de intrones pueden silenciar
potenciadores de aguas abajo sin truncar el producto del gen, lo que implica
que, al menos en algunos casos, los complejos de transcripción pueden
pasar a través de aisladores funcionales ( Geyer y Corces,
1992 ) . La premisa basica del modelo de
dominio de bucle es que los sitios de aisladores interactúan entre
sí y / o con otras estructuras nucleares para formar bucles de
cromatina. Esta idea es sencilla y bien soportado, y se
discutira en detalle a continuación. Sin embargo, la
cuestión de la formación de bucle con precisión
cómo interfiere con la función potenciador sigue siendo un area activa de estudio.
Una gran cantidad de evidencia indica que los aisladores
forman bucles de cromatina. El emparejamiento de los sitios
específicos de aisladores para formar bucles individuales se ha
demostrado, incluyendo el SCS / SCS par aislante 'que flanquea el
soplo dechoque 87A7 calor en Drosophila polytene cromosomas. El scs aislador esta obligado por la
proteína ZW5, mientras que los scs aislante 'esta
obligado por Beaf. Captura de conformación Cromosoma (3C)
experimentos mostraron que los dos sitios colocalize, y los ensayos de
coimmunoprecipitation demonstrasted que las dos proteínas
interactúan, proporcionando así un mecanismo para el anclaje del
bucle (Blanton et al., 2003 ). Del
mismo modo, en líneas de vuelo con dos inserciones de
la gitana retrotransposón, que contiene un Su (Hw) aislante,
los sitios de inserción cromosómica colocalize en el
núcleo en un Su (Hw) de manera dependiente de frecuencia
significativamente mayor que en las líneas de moscas que carecen de uno
o ambos de las inserciones ( Gerasimova et al.,
2000 ). Por otra parte, los bucles anclados por Su (Hw) aisladores se
han visualizado directamente en los núcleos de sal extraída
mediante hibridación in situ fluorescente ( Byrd
y Corces, 2003 ). Evidencia funcional que soporta la idea de que
Aisladores de formar bucles es proporcionada por un estudio que demuestra que
un bucle puede actuar como
un aislante ( Ameres et al.,
2005 ). Las células HeLa fueron transfectadas con un plasmido que contiene un potenciador y un
promotor. El potenciador estaba flanqueado por matrices de tet operadores, y las células también
fueron transfectadas con un plasmido que expresa una proteína que
se une primero los teto matrices y luego se
dimeriza. Presumiblemente, este proceso debe
conducir a la interacción entre los teto matrices y bucles
delpotenciador. De hecho, se observó
silenciamiento de la expresión potenciador de guiado, pero el efecto
podría ser revertido por las condiciones que causaron la proteína
de dimerización de disociarse de los teto arrays. Ademas,
un ejemplo endógena de formación de bucle funcional se ha
encontrado en la región de control de impresión H19 (ICR) en
ratones, que se une CTCF de una manera específica de alelo
( Kurukuti et al, 2006. ; Murrell et al, 2004. ; Yoon
et . al, 2007 ).Yoon et al. sugieren que la ICR CTCF unida
interactúa con elementos potenciadores y promotores, mientras que
Kurukuti et al. sugieren que el ICR CTCF unida interactúa con otros
elementos reguladores de ADN de la región, una región de
unión de matriz (MAR3) y una región diferencialmente metilado
(DMR1). Aunque estos estudios no estan de acuerdo en las
interacciones específicas que son necesarias para la función
aislante, tanto a la conclusión de que el ICR CTCF unido participa en la
formación de bucle que es necesario para evitar la comunicación
con el potenciador de Igf2 promotor.
Ademas de formar bucles mediante la interacción con otros,
aisladores pueden formar bucles por la inmovilización de la cromatina a
diversas estructuras nucleares. En células de mamíferos,
CTCF interactúa con la nucleofosmina, una proteína que se
enriquece en el nucleolo. También, loci transgénicos con
sitios de unión CTCF intacta localizar al nucléolo mas a
menudo que los transgenes albergan sitios de unión CTCF
mutados. Juntos, estos resultados sugieren que los aisladores CTCF forman bucles
de cromatina porla inmovilización de la cromatina a la superficie del nucleolo ( Yusufzai et al., 2004 ). Estudios como
éste, junto con la observación de que hay numerosos sitios de
aisladores endógenos repartidos por los genomas de varias especies,
implican que los aislantes podrían desempeñar un papel importante
en la organización nuclear global. Esta idea se
ve apoyada por observaciones enDrosophila células diploides. En
este modelo de sistema, hay miles de Su (Hw) sitios de unión
distribuidos en todo el genoma, pero no el patrón difuso espera de
localización, analisis de inmunofluorescencia detectar un
número mucho menor de focos distintos, que van desde menos de diez a
unas pocas docenas ( Gerasimova y Corces,
1998 ). Este hallazgo ha sido interpretado en el
sentido de que los sitios se agrupan, la organización de toda la masa de
la cromatina en estructuras rosetones. Por otra parte, la
mayoría de estos grupos estan ubicados en la periferia nuclear ( Gerasimova et al., 2000 ), donde hay indicios de
que pudieran interactuar con la lamina nuclear ( Capelson y Corces,
2005 ). Esta opinión se ve reforzada por un nuevo estudio en
fibroblastos humanos, lo que demuestra que CTCF se encuentra en los
límites de muchos dominios Lamin-asociados en todo el genoma ( Guelen et al., 2008 ). Como periférica versus cambio de
posición central de los genes en el núcleo, generalmente parece
ser aleatoria, un nuevo nivel de organización
nuclear podría ser orquestada por aislantes. Recientemente, dCTCF
se encontró en los mismos grupos como Su (Hw) en
célulasdiploides. Curiosamente, en los cromosomas
politénicos, Su (Hw) y dCTCF no parecen
colocalize. Sin embargo, ambas proteínas colocalize con una tercera
proteína, CP190, que es necesaria tanto para Su (Hw) y la función
aislante dCTCF, sugiriendo así la cooperación entre diversas
clases de Drosophila aisladores ( Gerasimova et al,
2007. ; . Mohan et al, . Si
diferentes tipos de aisladores tienen variaciones en sus propiedades, a
continuación, las interacciones entre estos elementos podrían
permitir un nivel aún mas fino de
control sobre el genoma.
EL PAPEL DE LOS AISLADORES EN HERENCIA EPIGENÉTICA
La información epigenética no esta contenida en la
secuencia de ADN, pero sin embargo se hereda de una generación celular a
la siguiente, y en algunos casos de una generación a la siguiente del
organismo. Un sistema epigenético tiene dos componentes: la
señal que desencadena un cambio epigenético, y la marca que
mantiene el cambio a través de las divisiones celulares, mas o menos
estable, a menos que y hasta que surja otra señal derogar él
( Figura 1 ). Si la organización nuclear, según lo
establecido por los aisladores, contiene toda la información
intrínseca, en cualquier momento durante el desarrollo, en lugar de
simplemente responder a la información codificada en otro lugar, a
continuación, aisladores deben tener alguna conexión con un
sistema epigenético.Aunque esta area de investigación
aún no ha sido ampliamente investigado, la creciente evidencia sugiere
que los aislantes pueden actuar como una marca epigenética y una
señal epigenética.
El papel de losaisladores en la memoria epigenética. Proteína (A) Aislante vinculante podría ser una marca
epigenética que se mantiene a través de la división
celular. Locus Locus A y B representan dos loci del genoma
diferente que contiene los elementos aislantes. Locus A esta unido
por una proteína aislante que impide la transcripción, mientras
que B es locus no unido y por lo tanto capaz de producir un
producto génico (pentagono). Si los actos de unión a
proteínas aislante como una marca epigenética,
la unión o la falta de unión es recordado después de la
división celular. (B) Un aislante podría participar en una
señal epigenética a través de la regulación de un gen que establece una marca epigenética. En
esta situación, la pérdida de clientes potenciales de
unión a proteínas aislante a la producción de un producto
génico (pentagono) que establece una marca epigenética,
aquí en Locus B. La marca epigenética se mantiene a través
de la división celular, independientemente del estado del
aislador. Por lo tanto, el aislante participa en el
establecimiento de la marca epigenética, pero no es la propia marca. Squares
- proteínas de unión a potenciador; Círculos -
proteínas de aisladores; Pentagonos - productos de los genes
cuya expresión esta regulada por aislantes; Óvalos -
marcas epigenéticas.
Los primeros estudios de Mod (ODM 4), un miembro del Su (Hw) complejo aislante,
mostraron un efecto paternal fuerte el efecto de posición
variegación (PEV) ( Dorn et al.,
1993 ). PEV se ensayó usando el En (1)
wm4h reordenamiento en el que el blanco gen se coloca enestrecha
proximidad a la heterocromatina, dando lugar a un fenotipo de ojo variado
debido a cantidades variables de propagación de heterocromatina, y, por
lo tanto, cantidades variables de blanco expresión
génica. En este sistema, las mutaciones
que mejoran la formación de heterocromatina conducen a un fenotipo de
ojo blanco mas fuerte, mientras que las mutaciones que perturban la
formación de heterocromatina conducen a un fenotipo de ojo rojo
fuerte. Las mutaciones en el mod (ODM 4)acto
gen como
potenciadores del PEV. Curiosamente, la progenie masculina, a partir de la
mañana od (ODM 4)neo129 padre
heterocigotos, que alberga dos copias de tipo salvaje de la mod (ODM
4) gen muestran mayor PEV. Este efecto se mantiene a través de
al menos once generaciones de progenie de tipo salvaje macho, pero no se
observa en la descendencia de am OD (ODM 4) neo129 madre heterocigotos. Este
efecto paterna también se observa en otros ocho mod
(ODM4) mutaciones ( Buchner et al.,
2000 ). Estos hallazgos sugieren que Mod (ODM 4) es necesario
transmitir la información epigenética, en este caso,
probablemente en el cromosoma Y. Sin embargo, tales estudios no pueden determinar
si Mod (ODM 4) esta implicado en la señal epigenética que
establece una marca epigenética en el cromosoma Y, que luego afecta PEV,
o si Mod (ODM 4) esta directamente involucrado en el mantenimiento de la
marca epigenética que si perdió en una mosca es ineficiente
restableció generación.
Al considerar mod (ODM4) mutaciones, es importante señalar que
este gen codifica al menos 27 isoformasdiferentes generadas por splicing
alternativo, y sólo uno de ellos, llamado Mod (ODM4) 2.2 o MOD (67 ODM4), se sabe que es involucrado en la función
aislante. Las mutaciones analizados en el estudio PEV
mencionados anteriormente estan ubicados dentro de la región
común de estas isoformas, y, por lo tanto, Mod (ODM 4) 2.2
función no puede ser aislado. Sin embargo, el mod (ODM
4) u1 alelo, que afecta específicamente a la región
C-terminal de Mod (ODM 4) 2.2, también ha sido
implicado en la herencia epigenética. Esta mutación inhibe
la función aislante cuando se coloca un Su (Hw) aislante entre un
potenciador y el amarillo promotor del gen ( Gerasimova et al., 1995 ). Un
pequeño porcentaje de hijos varones heterocigotos de un mod (ODM
4) u1madre homocigotos y un espectaculo de padre de tipo salvaje
interrumpe la función aislante, mientras que la cruz inversa, entre una madre
de tipo salvaje y mod (ODM 4) u1 padre homocigotos, conduce a la
salvaje función de tipo aislante ( Gerasimova y Corces,
1998 ). Por lo tanto, hay un efecto materno
que se retiene en la mosca adulta, lo que indica que la proteína es
necesaria desde el principio en el desarrollo para establecer un estado que se
conserva a través de muchas divisiones celulares. Dado que la
función aislante en sí es la lectura de salida en esta
situación, el aislante debe ser parte de la marca
epigenética. La presencia de la proteína mas tarde en
el desarrollo, después de la iniciación de la
transcripción cigóticos, no es suficiente para restaurar la
función normal del aislador, lo que sugiere queMod (ODM 4) 2.2 esta
involucrado en el establecimiento de una marca epigenética embrionario
temprano.
Para algo para que actúe como una marca epigenética,
debe tener algún medio de retener su contenido de información a
pesar de todas las interrupciones de la cromatina. Tales interrupciones
incluyen la transcripción, la replicación del
ADN, y la compactación de la cromatina / descompactación durante
la mitosis. Aunque gran parte de esta area de investigación
aún no esta claro, la evidencia esta comenzando a emerger lo que indica que los aisladores cumplen estos
tres criterios. La función apropiada de la Drosophila Su
(Hw) aislante es compatible con la transcripción a través del
sitio aislante, como la inserción de Su (Hw) sitios de unión en
un intrón de losamarillos resultados de genes en el silenciamiento
de potenciadores aguas abajo sin interrupción del producto génico
( Geyer y Corces, 1992 ). De hecho, la maquinaria
transcripcional podría pasar a través de Su (HW) complejos de
aisladores muy a menudo como do (HW) sitios de consenso se encuentran con
frecuencia dentro de intrones ( Ramos et al., 2006 ), aunque si todos
estos sitios son aislantes activos queda por la determinado.Ademas, el
mapeo de Drosophila CTCF y sitios a través de
inmunoprecipitación de la cromatina de unión CTCF humano muestra
que un número de sitios se encuentran dentro de intrones ( Barski
et al, 2007. ; Holohan et al, 2007. ; Kim et al,
2007. ), lo que sugiere que la coexistencia con la transcripción
podría ser una propiedad común de los aislantes, aunque también
esposible que estos sitios CTCF juegan un papel diferente en la
transcripción.
Hay indicios de que los aislantes también son funcionales durante la replicación del
ADN. La Drosophila gen corion loci se amplifican aproximadamente
80 veces durante la ovogénesis, pero cuando se
inserta aleatoriamente en otros sitios genómicos, el nivel de
amplificación disminuye drasticamente. Flanqueando el locus
amplificado con Su (Hw) los aisladores protege contra esta variegación
por efecto de posición ( Lu y Torre,
1997 ), mientras que la inserción de un aislante entre dos
elementos reguladores necesarios suprime la amplificación ( Lu et
al., 2001 ).Estos resultados sugieren que los aislantes podrían
interactuar con los mecanismos de control de duplicación de una manera
similar a aquella por la que interactúan con los mecanismos de control
de la transcripción. Es plausible, por tanto, que los aislantes
podrían estar involucrados en la delimitación de los dominios de
replicación por separado con el tiempo de replicación distinto y
regulación, un papel que presumiblemente
implicaría el mantenimiento de la función de aislante en toda la
fase S. No queda claro, sin embargo, precisamente lo que ocurre cuando el
propio sitio de aislante se replica.
Durante la mitosis, sin embargo, hay evidencia mas directa de que las
proteínas de aisladores pueden ayudar a mantener la información
epigenética. Por ejemplo, la Drosophila proteína
aislante Beaf permanece en los cromosomas durante la mitosis ( Hart
et al., 1999 ), pero no parece ser necesario para la mecanica de
lamitosis, lo que sugiere que podría actuar como un marcador de posición para
retener la memoria molecular de activa sitios de aisladores ( Gilbert et
al., 2006 ). Ademas, en células HeLa, CTCF se ha
observado en los cromosomas mitóticos; un examen de un subconjunto
de sitios de unión en interfase conocido CTCF reveló que los
mismos sitios también estan obligados durante la mitosis ( Burke et al., 2005 ). Otro estudio
comprobó este hallazgo en una línea celular diferente ( Rubio et al., 2008 ). Por el contrario,
otros dos estudios informaron el hallazgo opuesto que CTCF no permanece unido a
la cromatina durante la mitosis ( Komura et al,
2007. ; Wendt et al, 2008. ). El mantenimiento de la
unión es fundamental si CTCF realmente actúa como una marca
epigenética; Sin embargo, esta idea sigue siendo controvertida en
el campo.
Una pista mas sutil que sugiere que los aislantes podrían estar
involucrados en el mantenimiento de los estados epigenéticos proviene de
estudios sobre la relación entre CTCF y la proteína relacionada
con BORIS (Hermano del Regulador de Sitios
Imprinted). BORIS contiene un dominio de dedo de zinc con la secuencia
casi idéntica a la de CTCF, y se une al mismo loci, pero que sólo
se expresa normalmente en la línea germinal masculina en la etapa de desarrollo
en la que se borran las marcas de metilación del ADN, una etapa en la
que la expresión de CTCF es downregulated drasticamente ( Loukinov et al., 2002 ). Aunque indirecta, este hallazgo podría indicar que si la ausencia de
CTCF es importante para las marcas epigenéticas seanrestablecimiento, a
continuación, su presencia podría jugar un papel en su
mantenimiento.
Para profundizar en los mecanismos mediante
los cuales la función de aislante se mantiene epigenetically, podemos
mirar a otras proteínas que estan involucradas
en la herencia epigenética. Proteínas trxG y PcG se sabe que
estan implicados en la memoria celular de los estados de la cromatina ( Grimaud et al., 2006 ). Las mutaciones
en mod (ODM 4) mejorar trxG mutaciones y
suprimen PcG mutaciones, y trxG mutaciones aumentan
la mod (ODM 4)efecto paternal descrito
anteriormente. Mas importante, el efecto materno de la mod
(ODM 4) u1 mutación también se ve reforzada
por trxG mutaciones y suprimida por un PcG mutación,
lo que indica que la herencia epigenética de aislante actividad se ve
afectada por las proteínas celulares (memoria Gerasimova y Corces,
1998). Por lo tanto, las proteínas trxG y PcG y
proteínas de aisladores son interdependientes unos de otros para su
correcto funcionamiento. Aunque no hay evidencia de una
interacción directa entre estos grupos de proteínas, todos ellos
son cree que participan en la organización
nuclear a gran escala. Esto implica que parte de la información que
se epigenetically retenido de una generación a la siguiente es la organización
física de la cromatina en el núcleo, y cada una de estas
proteínas debe ser funcional para este proceso
se produzca correctamente.
AISLANTES MODULAN TIPO DE CÉLULA ORGANIZACIÓN
NUCLEAR ESPECÍFICA
Si la organización nuclear contiene información epigenética,
a continuación, se puede inferirque es específica de
células de linaje. Ademas, la
organización nuclear y la regulación transcripcional son
conocidos por ser íntimamente relacionados. El hecho de que los patrones de expresión de genes definen
la identidad celular también implica que la organización nuclear
es de tipo celular específico. Por lo tanto, los elementos,
tales como
aislantes, que estan involucrados en el establecimiento de la
organización nuclear y la regulación transcripcional deben regularse
entre tipos de células.
Aquí nos centramos en lo que se conoce acerca del tipo de
célula de información aislante específica de todo el
genoma. Sin embargo, la función de los aisladores
específicos que son conocidos por ser regulada entre diferentes tipos de
células, tales como el aislante CTCF en el ICR en
los vertebrados y los aisladores se encuentran en laDrosophila
Abd-B región reguladora, se discutira en mayor detalle en
una tarde sección. Mirando el mundo, los sitios de unión
CTCF en el genoma humano fueron asignadas recientemente utilizando
inmunoprecipitación de la cromatina seguido por el analisis de
microarrays ( Barski et al, 2007. ; .
Kim et al, . El analisis de los
dos tipos de células diferentes reveló diferencias en una
pequeña pero reproducible porcentaje de estos sitios, lo que indica que
CTCF de unión al ADN es parcialmente del tipo de
célula específico. Sin embargo, cuando se analizaron un
pequeño número de do (HW) sitios de unión en
diferentes Drosophila se observó tejidos poca o ninguna
variación ( Adryan et al,
2007. ; . Parnell et al, . Estadiferencia podría indicar que el aislamiento de Su (HW)
es sólo participar en la arquitectura nuclear estatica, aunque
otros Drosophila aisladores pueden dictar organización
específica de tipo celular. Alternativamente, puede haber cambios específicos de tipo celular en Su (Hw)
de unión a ADN que no pudieron resolverse cuando se comparan tejidos
enteros que contienen muchos tipos de células diferentes. Una
tercera posibilidad es que Su (Hw) la regulación de la
organización nuclear aislante se produce a través de la
regulación de las interacciones entre las proteínas implicadas en
la formación de aisladores de bucle y no a nivel de la unión al
ADN. En apoyo de esta tercera posibilidad, durante el golpe de calor, que
hace que los genes de choque térmico que se activen y la
transcripción en el resto del genoma que ser apagado, Su (HW) cuerpos de
aisladores se disocian, pero las proteínas aislantes mantienen unido al
ADN (Gerasimova et al., 2000 ). Por lo tanto, el cambio masivo en los
patrones de expresión de genes que sigue de choque térmico se
acompaña de reorganización de las interacciones
proteína-proteína entre las proteínas de aisladores que
indican que la regulación específica del tipo de célula de
Su (HW) aisladores podría ocurrir en gran medida en el nivel de
agrupación aislante.
La lamina nuclear esta involucrado en células de tipo
organización nuclear específica y la expresión
génica enDrosophila . A medida que el
Su (Hw) aislante interactúa con la lamina nuclear, una
interacción que es necesaria para la función aislante
adecuado,aisladores podrían estar involucrados en este proceso de
células de tipo nuclear organización específica
( Capelson y Corces, 2005 ; . Gerasimova et al, . In vitro la diferenciación
solicita un pequeño número de genes para alterar su
asociación con la lamina nuclear, y estos reordenamientos
nucleares son acompañados por cambios en la expresión génica
( Pickersgill et al., 2006 ). Aunque no
se ha examinado el papel de aisladores en este contexto, la activación o
inactivación de los aislantes podrían causar la cromatina a
asociar con o disociar de la lamina nuclear, que conduce a los cambios
observados en la disposición nuclear y la expresión
génica. Recientemente, los dominios de la lamina asociada
fueron asignadas a lo largo de todo el genoma humano, que reveló un
fuerte enriquecimiento para sitios CTCF 5-10kb dentro de estos dominios (Guelen
et al., . Aunque este analisis
se limitó a un tipo de célula y por lo tanto no proporciona
información sobre el papel de la lamina nuclear o CTCF en
células de tipo organización nuclear específica, sugiere
la conservación de la interacción funcional entre lamina
nuclear y las proteínas de aisladores en los vertebrados. Se requiere mas analisis exhaustivo para determinar
si los aisladores son de hecho involucrado en células de tipo
específico de organización nuclear.
LA REGULACIÓN DE LA ACTIVIDAD AISLANTE
Dado que las secuencias de ADN a las que se unen las proteínas de
aisladores estan presentes en todas las células, pero que la
funcionalidad de los sitios de aisladores específicas en tiposcelulares
específicos exhibe cierta variabilidad, se deduce que debe haber algún medio para regular el comportamiento de proteínas
aislante. Esta regulación podría tener lugar una vez en un
linaje como parte de un evento de diferenciación, con el efecto de ser
mantenido de forma estable por mecanismos epigenéticos como se discutió
anteriormente, o como parte de un sistema continuo de control que se
volvió a imponer continuamente (o se permite la caducidad) en cada
generación celular. Existe evidencia para una variedad de
mecanismos moleculares que afectan al comportamiento aislante de la
proteína en múltiples etapas involucradas en la función
aislante ( Figura 2 ).
Regulación de la actividad aislante. (A) la función aislante podría ser regulada a
nivel de la actividad de unión al ADN. Reglamento podría ser
positivo o negativo y podría ocurrir por diversos mecanismos moleculares,
incluyendo la modificación del ADN, la
modificación de proteínas, interacción
proteína-proteína, y los efectos de las inmediaciones de la
cromatina. (B) la función aislante
podría ser regulada en el nivel de interacción
proteína-proteína. Una vez mas, la
regulación podría ser positivo o negativo. Mecanismos
moleculares podrían incluir la modificación de proteínas,
interacción proteína-proteína, efectos de las
inmediaciones de la cromatina, y la interacción con los pequeños
RNAs.
Un requisito basico para cualquier tipo de
complejo proteico aislante funcional es la actividad de unión al ADN.Un
método de modulación de la actividad de unión a ADN es la
modificacióncovalente del ADN en el sitio de unión. El ejemplo
clasico de este tipo de regulación es diferencial
metilación del
sitio de unión CTCF entre el H19y Igf2 genes ( Bell y Felsenfeld, 2000 ; Hark et al,
2000. ). En este caso, cuando CTCF
esta unido y el aislador es funcional, sólo H19 se
expresa; esto ocurre en el cromosoma materno. En el
cromosoma paterno, el sitio de unión es metilado y CTCF es incapaz de
unirse, lo que hace el aislador inactiva; sólo Igf2 se
expresa. Se impone Esta marca metilación durante
el desarrollo de las células germinales masculinas y mantiene de manera
estable a partir de entonces. Otra forma de
regulación es la modificación covalente de las proteínas
implicadas. Parece que la ubiquitinación podría
desempeñar un papel aquí, como
los dTopors ubiquitina E3 ligase pueden afectar el aislador Su (Hw)
en Drosophila ( Capelson y Corces,
2005 ). Las mutaciones en este gen reducen
la función aislante, mientras que dTopors sobreexpresión puede
rescatar fenotipos de aisladores que ya han reducido la función y
deficientes ADN vinculante. Un punto de
mutación que suprime la actividad de ubiquitina ligasa también
suprime el efecto rescate, lo que sugiere que la actividad enzimatica es
importante; sin embargo, la identidad de la diana de la enzima en este
proceso sigue siendo desconocido. Una tercera estrategia para la
regulación de la competencia de unión a
ADN es proteína-proteína. La relación entre Beaf y el
regulador transcripcional DREF es un candidato probable para este tipo de
regulación ( Hart et al.,
1999 ). Ambas proteínas seunen el mismo motivo de ADN, pero no
interactúan entre sí, y los ensayos de cambio de movilidad
electroforética muestran que sólo uno a la vez puede unirse a un sitio específico. En polytene cromosomas,
parecen solaparse en muchos puntos, lo que sugiere que algunas copias del
cromosoma pueden ser obligados por Beaf mientras que otros estan
obligados por DREF. La importancia funcional de esta relación, si
la hay, no se ha determinado.
Dado que los modelos predominantes de la función aislante sugieren que
los sitios de aisladores interactúan uno con el otro para formar bucles
de cromatina, regulación de la actividad aislante en el nivel de las
interacciones proteína-proteína requeridas para formar estos
bucles es también probable que sea importante. Un ejemplo probable
de este tipo de regulación es la modificación de CTCF por poli
(ADP-ribosil) ación, o PARlation ( Yu et
al., 2004 ). Experimentos de inmunoprecipitación de la
cromatina en las células murinas indican que la marca PAR y CTCF se
superponen en numerosos puntos en el genoma, y in vitro ensayos de
cambio de movilidad demuestran que PARlated CTCF conserva su capacidad de
unión al ADN. En conjunto, estos resultados
sugieren que una gran fracción de los sitios de unión
endógenas CTCF contiene proteína PARlated. En este caso, hay indicios de que la modificación es un
regulador positivo de la función aislante, como el tratamiento con 3-aminobenzamida, un
inhibidor de PARlation, resulta en pérdida de aislamiento. La idea
de que PARlation regula aislamiento CTCF mediante la promoción de
lasinteracciones entre los sitios de aisladores no se ha demostrado de forma
concluyente, pero parece probable, como
PARlation parece promover las interacciones proteína-proteína en
otros contextos ( Reale et al.,
2000 ). Otro caso de la regulación del aislador por la modulación de la
interacción proteína-proteína es la modificación de
la MOD (ODM 4) 2.2 y CP190 en la Drosophila Su (Hw) complejo aislante mediante
la adición de SUMO (Small ubiquitina-como modificador) ( Capelson y Corces, 2006) . Como
es el caso de PAR, SUMO colocaliza con las proteínas de aisladores en un número de sitios en todo el genoma, como se demuestra a
través de la inmunotinción de cromosomas
politénicos. Sin embargo, a diferencia de PAR, SUMO parece ser un regulador negativo de la actividad aislante, como mutaciones en el
resultado vía Sumoylation en función aislante reforzado. Por otra parte, la sobreexpresión de componentes de
maquinaria Sumoylation altera la apariencia de los cuerpos aislantes
puntiformes en núcleos diploides de larvas de tercer estadio. Este
hallazgo sugiere fuertemente que regula la actividad Sumoylation aislante al
interferir con la capacidad de los sitios de aisladores en diferentes lugares
para interactuar uno con el otro. La maquinaria de RNAi también
parece desempeñar un papel en la regulación de las interacciones
entre las proteínas aislante ( Lei y
Corces, 2006). Este papel no parece ser un
sencillo, sin embargo, como
diferentes componentes de la maquinaria afectan a la función aislante de
maneras opuestas. Sobre la base de la pérdida defunción y
los estudios de sobreexpresión, la helicasa Rm62 se opone, mientras que
las proteínas Argonaute facilitan, la actividad aislante. La
interacción de las proteínas de aisladores con la cromatina
parece estar afectada en alguna de estas condiciones, indicando de nuevo que la
regulación se produce a nivel de la interacción entre los sitios
de aisladores, en lugar de ADN de las proteínas de unión en cada
sitio. La interacción entre Rm62 y CP190 es dependiente de ARN, lo
que nos lleva a una interesante posibilidad. Ademas de determinar
simplemente si o no un sitio aislante especial
participa en las interacciones con otros aislantes, también se puede
imaginar que puede haber modos de regulación que especifiquen el
conjunto de sitios de aisladores que participan en cada
grupo. Potencialmente, la especificidad de secuencia proporcionada por la
inclusión de ARN en un complejo aislante puede
proporcionar un medio de lograr este objetivo.
Ademas de los mecanismos de regulación
descritos anteriormente, hay otros factores que afectan la actividad aislante
para los que los detalles funcionales son todavía desconocidos. Un
ejemplo es el de la Drosophila Abdominal-B ( Abd-B locus). El Abd-B región de control consta de una serie de
desarrollo regulados potenciadores, silenciadores y aislantes. Cómo
el potenciador correcta se dirige a la Abd-B de genes en un tipo de célula dada es un area de gran
interés. Curiosamente, uno de los aisladores en esta región,
Fab-7, se compone de múltiples sub-elementos que ejercen su función
aislante, ya sea en diferentespuntos durante el desarrollo o con diferentes
combinaciones de potenciador-promotor ( Schweinsberg
et al., 2004 ). Este hallazgo revela el potencial para la actividad
especificada aislante que podrían dilucidar algunas de la
expresión del
gen regulado por el desarrollo en este locus. Ademas, se ha
demostrado múltiples aislantes dentro de la región de control
Abd-B para exhibir derivación aislante, lo que significa que la
actividad aislante se suprime cuando dos aisladores se colocan cerca uno de
otro debido a aislante de emparejamiento ( Gruzdeva et al,
2005. ; . Kyrchanova et al, .
Kyrchanova et al, Rodin et al,
2007. ). Aunque derivación aislante no se ha demostrado en el
locus endógeno, es posible que este mecanismo
desempeña un papel en la selección de elementos potenciadores
específicos para el promotor en el tipo de célula correcta en el
punto de tiempo de desarrollo correcto. Otra parte de la
explicación de la expresión génica regulada por el
desarrollo de la Abd-B gen proviene de Promotor secuencias dirigidas
(PTS) que se han encontrado 3 'a dos de los aisladores, Fab-7 y Fab-8, y
permitir que los potenciadores para superar tanto Drosophila CTCF y
Su (Hw) potenciador actividad bloqueante en ensayos de transgenes ( Chen et al., 2005 ; Zhou y Levine,
1999 ). Estos se dirigen a un promotor de STP a uno, y sólo
uno, promotor en un linaje celular dado, lo que sugiere que estas secuencias se
estabilizan los complejos potenciador-promotor ( Lin
et al., 2003 ). Tal vez estos complejos potenciador-promotor
interfieren con la formaciónde bucle aislante y de esta manera anulan la
actividad aislante.
Otro ejemplo de secuencias cercanas que afectan a la actividad aislante es
elementos de respuesta a la hormona tiroidea (TREs), que a menudo se encuentran
en estrecha proximidad a los sitios de unión CTCF en los vertebrados
( Arnold et al, 1996. ; Awad et al,
1999. ; Pérez-Juste et al ., 2000 ). Analisis
de la relación entre estos dos elementos sugiere que la actividad de bloqueo
de potenciador de CTCF se reduce por tanto la TRE encuentra aguas arriba de la
gallina lisozima de genes y la TRE encuentra aguas arriba de la
humano c-myc gen en presencia de la hormona tiroidea ( Lutz et
al ., 2003 ). CTCF permanece unido al ADN en
presencia de la hormona, indicando que Tres debe inactivar CTCF.
Modulación adicional de la actividad CTCF proviene de varias parejas de
interacción ( Wallace y Felsenfeld,
2007 ). Mientras Kaiso se cree que regulan negativamente CTCF
potenciador de la actividad-bloqueo, CHD8 mejora esta función ( Defossez et al, 2005. ; . Ishihara et al, . Estudios recientes indican que cohesin
también interactúa con CTCF. Estos informes demuestran que
CTCF recluta cohesin a la cromatina y que es necesaria para la función
aislante adecuado en ambos loci transgénicos y endógenos ( Parelho et al, 2008. ; . Rubio et al, Stedman et al, 2008. ; Wendt et
al 2008 ). Aunque el efecto de la
cohesión en la asociación CTCF con el ADN no esta clara debido a datos contradictorios a partir de estos
estudios, Kaiso y CHD8 no se cree que tienen un efecto. Por lo tanto,por lo menos algunos CTCF interactuando socios deben
afectar aislante actividad a través de un mecanismo alternativo, tales como promover u
obstaculizar la formación de bucle.
El gran número de mecanismos de regulación que
existen para modular la función de aislante implica que la actividad
aislante es dinamico. Mecanismos independientes se han identificado para la regulación de la
proteína de unión a ADN aislante y
proteína-proteína interacciones que conducen a la
formación de bucle. Estas estrategias
podrían ser utilizados para diferentes niveles de regulación. La
interferencia en el nivel de unión al ADN podría ser una forma
mas permanente de la regulación, mientras que la interferencia en
el nivel de formación de bucle puede ser mas transitoria como las
proteínas podrían permanecer presente y preparada para la
activación. Así, por ejemplo, una
célula podría responder rapidamente a los cambios en sus
necesidades metabólicas inmediatas y su entorno mediante la
alteración de su organización de bucle, mientras que
todavía conserva su identidad diferenciada a través de los
patrones de unión al ADN. Sin embargo, se
necesita mas trabajo para entender cuando y cómo la
célula utiliza estas formas de regulación aislante.
CONCLUSIONES
Por lo menos algunos aisladores potenciador de bloqueo parecen participar en la
herencia epigenética, y muchos regulación exhibición de la
actividad aislante. Cada sitio aislante contiene el potencial para
la regulación en muchos niveles, incluyendo las proteínas de
unión al ADN aislante, modificaciones de estasproteínas, o
elementos cercanos actividad de los complejos de aisladores de
modulación. Como aisladores
potenciador de bloqueo se encuentran en toda la Drosophila y los
genomas de vertebrados, una gran cantidad de potencial de tipo celular existe
información específica que se puede mantener a lo largo de una
célula y / o el linaje del organismo. Todavía
se desconoce, sin embargo, cómo ampliamente estas formas de
regulación se utilizan por una célula, y, por tanto, no
esta claro qué cantidad de la actividad aislante en un genoma
dado es de tipo celular específico.
Aunque mucho se ha trabajado para entender la función
aislante, los mecanismos a través de los cuales funcionan todavía
no son bien entendidas. Tampoco esta claro si la
función principal de los aisladores es actuar a nivel local a
través de potenciador de bloqueo, si su función
en cis Regulación de la transcripción, simplemente refleja
su papel en la organización nuclear global, o si aisladores juegan un
papel activo en la regulación transcripcional y nuclear
organización. Si su papel en la
organización nuclear es funcional, es posible que la organización
nuclear aislante-dependiente de la cromatina contiene información
epigenética que es importante para la diferenciación celular. La
regulación de esta organización por el control de la actividad
aislante en ubicaciones específicas del genoma
podría por lo tanto ser un mecanismo importante para el establecimiento
y mantenimiento de las células destinos específicos durante el
desarrollo en eucariotas superiores.